docL. acidophilus
download 
Stížnost Transkript
L. acidophilus
L. acidophilus_(PSMM _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 „… problematika taxonomie“ Polyfázová taxonomie - taxonomie založená na kombinaci údajů získaných rozmanitými technikami - obsahuje dostupné genotypové, fenotypové a fylogenetické informace - použití jen jedné metody je nedostatečné a je vyžadován mnohostranný přístup – tzv. „polyphasic approach“ Fylogenetická klasifikace fenotypové vlastnosti doplněné o výsledky metod molekulární biologie a o chemotaxonomické údaje popis mnoha nových taxonů X co identifikovat? identifikace taxonu X mobilní genetické elementy (bakteriofágy, ostrovy patogenity, chromozomové kazety, plazmidy), exoproteiny - genetický polymorfismus „… problematika taxonomie“ DNA Celková DNA: % obsah G+C restriční profil (RFLP, PFGE) velikost genomu DNA reasociace RNA RNA sekvencování analýza nízkomolekulárních RNA Úseky DNA: PCR metody (rep-PCR, RAPD, AFLP) ribotypizace DNA sondy DNA sekvencování Polyfázová taxonomie, plazmidová DNA fylogenetická příbuznost Proteiny Chemotaxonomické znaky mastné kyseliny (FAME) mykolové kyseliny polární lipidy chinony elektroforetický profil celobuněčných peoteinů enzymový profil (MLEE) www.bacterio.cict.fr Fenotyp morfologie biochemie a fyziologie (API, Biolog) sérologie Lactobacillus acidophilus komplex • Lactobacillus = 130 taxonů • probiotická mikroflóra; ?patogenita? • L. acidophilus – ústa, trávicí trakt, vagina • L. acidophilus sensu stricto • L. acidophilus sensu lato (obligátně homofermentativní) velice rozsáhlá skupina bakterií: L. acidophilus sensu stricto, L. crispatus, L. amylovorus, L. gallinarum, L. gasseri, L. johnsonii (Fujisava et al., 1992); L. jensenii (Gasser et al., 1970) fylogeneticky příbuzné x fenotypově podobné L. acidophilus sensu lato - vaginální sliznice?! Lactobacillus acidophilus komplex externí zadavatel studie; v CCM pouze izolace a typizace cílená izolace L. acidophilus ze stěrů z cervixu 34 zdravých žen = 100< izolátů G+ tyček (MRS, CO2/anaerobně, 36,5°C) presumptivní identifikace založena na: rep-PCR (GTG5) spolehlivá identifikace LAB Lactobacillus acidophilus komplex: rep-PCR Shluk I „in house“ databáze > 1600 LAB Shluk II Neprůkazné pro L. acidophilus komplex Shluk IIIa Lactobacillus acidophilus komplex externí zadavatel studie; v CCM pouze izolace a typizace cílená izolace L. acidophilus ze stěrů z cervixu 34 zdravých žen = 100< izolátů G+ tyček (MRS, CO2/anaerobně, 36,5°C) presumptivní identifikace založena na: rep-PCR (GTG5) 24 izolátů L. acidophilus sensu lato (20 žen) biotypizace (API 50CH, apiweb; konvenčně) ribotypizace (RiboPrinter) MALDI-TOF MS Lactobacillus acidophilus komplex: biotypizace API Kmen 01A 03A 04A 06A 10A 10E/1 11A 11B 14C/2 15B 17A 18C 19A 19C 21A 22A 28A 29B 30B 30C 32A 33A 34A 35A API 50CH ID L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus L. brevis L. crispatus L. acidophilus komplex L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus Lactobacillus sp. L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus Fenotypizace RiboPrinter MALDI-TOF MS výborná, dobrá ID: 10 nejistá, nepřijatelná ID: 14 ? růst při 45°C ? variabilní bioprofil Finální ID Lactobacillus acidophilus komplex: rozšířená biotypizace Kmen 01A 03A 04A 06A 10A 10E/1 11A 11B 14C/2 15B 17A 18C 19A 19C 21A 22A 28A 29B 30B 30C 32A 33A 34A 35A API 50CH ID L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus L. brevis L. crispatus L. acidophilus komplex L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus Lactobacillus sp. L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus L. acidophilus Fenotypizace L. acidophilus komplex L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus Lactobacillus sp. L. gasseri L. acidophilus komplex L. gasseri L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex komplex komplex Lactobacillus sp. L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex komplex 4% NaCl RiboPrinter MALDI-TOF MS Finální ID Lactobacillus acidophilus komplex: dendrogram biotypizace 01A 06A 28A 04A 18C 32A 11B 21A 29B 35A 19A 10A 30B 17A 33A 03A 22A 14C/2 15B 11A 19C 34A 30C 10E/1 0% 10% 20% Linkage Distance 30% Lactobacillus acidophilus komplex: RiboPrinter profil 1. pheS sekvencování (a) profil 2.a L. gasseri profil 2.b Lactobacillus acidophilus komplex: RiboPrinter Kmen 01A 03A 04A 06A 10A 10E/1 11A 11B 14C/2 15B 17A 18C 19A 19C 21A 22A 28A 29B 30B 30C 32A 33A 34A 35A API 50CH ID L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus L. brevis L. crispatus L. acidophilus komplex L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus Lactobacillus sp. L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus L. acidophilus Fenotypizace L. acidophilus komplex L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus Lactobacillus sp. L. gasseri L. acidophilus komplex L. gasseri L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex komplex NI NI L. acidophilus komplex NI L. acidophilus komplex komplex NI komplex NI Lactobacillus sp. L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI komplex NI RiboPrinter MALDI-TOF MS NI L. gasseri NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI Finální ID Lactobacillus acidophilus komplex externí zadavatel studie; v CCM pouze izolace a typizace cílená izolace L. acidophilus ze stěrů z cervixu 34 zdravých žen = 100< izolátů G+ tyček (MRS, CO2/anaerobně, 36,5°C) presumptivní identifikace založena na: rep-PCR (GTG5) 24 izolátů L. acidophilus sensu lato (20 žen) biotypizace (API 50CH, apiweb; konvenčně) ribotypizace (RiboPrinter) MALDI-TOF MS 7 izolátů L. acidophilus sensu lato sekvencování pheS genu Lactobacillus acidophilus komplex: ribotypizace pheS sekvencování (a) Lactobacillus acidophilus komplex: MALDI-TOF MS Lactobacillus mucosae: MALDI-TOF MS x104 4706 isolate 10E/1 ] u s.[a te In 1.0 0.8 0.6 4491 0.4 0.2 2352 2742 5135 3145 3421 0.0 x104 6312 5304 3996 6842 4706 7989 9403 7450 L. mucosae CCDM 690T ] u s.[a te In 1.5 1.0 0.5 2350 4492 3144 2739 5136 5304 3687 3994 6313 6844 7453 9406 7990 0.0 2000 3000 4000 5000 6000 7000 8000 9000 Fig. 2: Comparison between MALDI-TOF mass spectra of isolate 10E/1 identified as L. mucosae and the corresponding reference strain L. mucosae CCDM 690T. m/z Lactobacillus acidophilus komplex: MALDI-TOF MS Kmen 01A 03A 04A 06A 10A 10E/1 11A 11B 14C/2 15B 17A 18C 19A 19C 21A 22A 28A 29B 30B 30C 32A 33A 34A 35A API 50CH ID L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus L. brevis L. crispatus L. acidophilus komplex L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus Lactobacillus sp. L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus L. acidophilus Fenotypizace L. acidophilus komplex L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus Lactobacillus sp. L. gasseri L. acidophilus komplex L. gasseri L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex komplex NI NI L. acidophilus komplex NI L. acidophilus komplex komplex NI komplex NI Lactobacillus sp. L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI komplex NI RiboPrinter NI L. gasseri NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI L. crispatus L. jensenii NI L. jensenii NI L. crispatus(a) L. crispatus(a) NI NI NI L. jensenii L. crispatus(a) MALDI-TOF MS L. crispatus(a) L. gasseri L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. mucosae L. jensenii L. crispatus L. jensenii L. jensenii L. crispatus L. crispatus(a) Finální ID L. crispatus(a) L. crispatus L. frumenti L. crispatus(a) L. crispatus(a) (a) profil podobný L. ultunensis Lactobacillus acidophilus komplex: finální identifikace Kmen 01A 03A 04A 06A 10A 10E/1 11A 11B 14C/2 15B 17A 18C 19A 19C 21A 22A 28A 29B 30B 30C 32A 33A 34A 35A API 50CH ID L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus L. brevis L. crispatus L. acidophilus komplex L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus L. acidophilus Lactobacillus sp. L. acidophilus L. acidophilus komplex L. acidophilus L. gasseri L. acidophilus L. acidophilus Fenotypizace L. acidophilus komplex L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex L. acidophilus Lactobacillus sp. L. gasseri L. acidophilus komplex L. gasseri L. gasseri L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex komplex NI NI L. acidophilus komplex NI L. acidophilus komplex komplex NI komplex NI Lactobacillus sp. L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI komplex NI RiboPrinter NI L. gasseri NI NI NI NI NI NI NI NI NI NI L. crispatus L. jensenii NI L. jensenii NI L. crispatus(a) L. crispatus(a) NI NI NI L. jensenii L. crispatus(a) MALDI-TOF MS L. crispatus(a) L. gasseri L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. mucosae L. jensenii L. crispatus L. jensenii L. jensenii L. crispatus L. crispatus(a) L. crispatus L. jensenii L. crispatus(a) L. jensenii (b) L. crispatus L. crispatus L. crispatus L. frumenti L. crispatus(a) L. crispatus(a) L. jensenii L. crispatus profil podobný L. ultunensis (a) Finální ID = fenotypizace + shluková analýza ribotypizace + MALDI-TOF MS Finální ID L. crispatus L. gasseri L. crispatus (b) L. crispatus L. crispatus L. mucosae L. jensenii (b) L. crispatus L. jensenii L. jensenii L. crispatus (b) L. crispatus (b) L. crispatus (b) L. crispatus L. vaginalis (b) L. crispatus L. crispatus sekvencování pheS (b) Lactobacillus acidophilus komplex 24 studovaných izolátů z cervixu: L. crispatus (63%) L. jensenii (25%) L. gasseri, L. mucosae, L. vaginalis L. acidophilus sensu stricto MALDI-TOF MS ribotypizace biotypizace ?databáze? Děkuji za pozornost
Podobné dokumenty
Lactobacillus
Lactobacillus fermentum Beijerinck 1901 (Approved Lists 1980), species.
Lactobacillus floricola Kawasaki et al. 2011, sp. nov.
Lactobacillus florum Endo et al. 2010, sp. nov.
Lactobacillus formose...
E E E E ! Ffi fr [FE: E S g P # FE € H#E
- t C) C) o
o s g)
o =
- - E _+ _- oo oC) c)o -O O= B B A a a A a B
? = ? ? o
B aAB
'uJ l t : t
o
o o
Metodika izolace DNA a analýzy molekulárních markerů pro účely
Předkládaná metodika je zacílena na využití molekulárních markerů na bázi
analýzy DNA pro účely popisu a identifikace jednotlivých genetických zdrojů a
hodnocení jejich genetické diverzity. Použité...
PCR
využívá jeden či více krátkých primerů (o délce 8-12 nt) libovolné sekvence s neznámou
homologií k cílové sekvenci DNA a málo přísné podmínky pro připojení primeru
Sekvenování genomů
Klasifikace eukaryotické genomové DNA:
• Geny kódují
dující proteiny
• asi 25 % genomu,
genomu, z toho ale jen 5 %
(1,4 % genomu)
genomu) připadá
ipadá na exony
Sekvenování genomů
Tandemově zmnožené geny kódující
rRNA, tRNA a histony
Repetitivní DNA
Neklasifikovaná spacer DNA:
• nerepetitivní, nekódující,
nekódující, cca čtvrtina genomu.
Zřejmě mrtvé transpozony tak mutované...
Zjišťování autenticity českých odrůd chmele pomocí chemických a
složek chmele kapalinovou chromatografií a prokázali značné odrůdové rozdíly v zastoupení některých složek, především glykosidů kaempferolu a quercetinu. Frakci nízkomolekulárních polyfenolů použil...
