zde

ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE
JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH
BUDĚJOVICÍCH
ZPRÁVA O UKONČENÍ PROJEKTU
Projekt
Název projektu: Estimation of nonlinear dynamics of S. Pombe cells growth via Rényi
Entropy
Průběh řešení projektu :
V průběhu řešení projektu jsem narazil na limity rychlosti přenosu dat z fotoaparátu do
počítače. Interval focení jedna minuta je příliš dlouhý pro určení dynamického chování
jednotlivých organel. Nelze z těchto fotek určit o kolik se jednotlivé organely posunuly,
případně s jakou frekvencí oscilují. Je potřeba zjistit minimální potřebné rozlišení pro
pozorování vnitřních struktur buněk, aby došlo ke snížení přenášených dat a tím ke zkrácení
časového intervalu mezi jednotlivými snímky.
V průběhu projektu došlo také na otázky ohledně zaostření, co to vůbec fokus je, jak nejlépe
zaostřit a jak zajistit stálé zaostření. Protože S. Pombe fotím na optickém mikroskopu se
stovkovým objektivem, i nepatrné rozostření způsobí, že organely jsou rozmazané a nelze je
pořádně sledovat. Z tohoto důvodu byla podrobněji zkoumána myšlenka zaostření a point
spread funkce (PSF). Byly zjištěny a popsány tři různé druhy zaostření, podle oka, Airyho
zaostření a zaostření maximalizující informační výtěžek ze získaného obrazu.
Dosažené výsledky:
V rámci letních škol byl nafocen a pospán buněčný cyklus kvasinek. Na fotografiích lze
rozlišit i jednotlivé fáze dělení. Z důvodů nedostatečného vybavení bylo podrobněji
zkoumáno zaostření a jeho vliv na PSF. Na základě této studie byl přednesen příspěvek na
konferenci DigiFish 2010 v Písku.
Obrázek 1: Různé druhy zaostření – Vlevo nahoře podle oka, vpravo nahoře Airyho fokus, vlevo dole informační fokus
Obrázek 2: Zaostření kuliček podle oka
Obrázek 3: Zaostření kuliček – Airyho fokus – 18 mikronů od zaostření podle oka
D, hh:mm:ss [Image Nr.]
D, hh:mm:ss [Image Nr.]
Obrázek 4: Genealogie kvasinek
Stav čerpání finančních prostředků:
Pipety 14 400 Kč
Kamera 27 278 Kč
Disk 2 400 Kč
Celkem čerpáno: 44 078 Kč
Využitelnost dosažených výsledků a navazující práce:
Výsledky této práce poslouží pro další studii PSF a zaostření, případně mohou být využity pro
lepší provádění budoucích experimentů, kde bude zohledněno budoucí zpracování dat (pro
každý typ zpracování výsledků se hodí jiné zaostření).