Textová část - Biologické centrum AV ČR, vvi

Transkript

Dotazník
Základní údaje o činnosti pracoviště AV ČR v roce 2010 a hlavní dosažené výsledky
I. Textová část
1. Název pracoviště: Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Zkratka pracoviště: BC AV ČR, v. v. i.
IČ: 60077344
2. Vědecká činnost pracoviště a uplatnění jejích výsledků
2a)
stručná charakteristika vědecké činnosti pracoviště
Česky: Biologické centrum AV ČR, v. v. i. (dále BC) má 5 výzkumných záměrů, na kterých pracují jednotlivé součásti (ústavy) BC.
Charakteristika vědecké činnosti je proto popsána po jednotlivých výzkumných záměrech (ústavech; v pořadí podle velikosti).
Entomologický ústav provádí základní výzkum v oblastech ekologie a ochrany hmyzu, fyziologie a vývojové biologie, genetiky a
molekulární biologie. Prioritami jsou zejména studium biodiverzity hmyzu, dynamiky hmyzích populací a trofických interakcí v nich,
diapauzy a chladové odolnosti hmyzu, molekulární evoluce pohlavních chromosomů, hormonální a genetické regulace vývoje hmyzu a
molekulárních mechanismů regulace cirkadiánních rytmů.
1
Parazitologický ústav se zabývá základním výzkumem lidských parazitů a parazitů hospodářských zvířat na organismální, buněčné a
molekulární úrovni. Cílem jeho činnosti je získávat, zdokonalovat a rozšiřovat znalosti biologie a parazito-hostitelských vztahů u
parazitických prvoků, helmintů a členovců a jimi přenášených patogenů. Ústav uskutečňuje tento cíl výzkumem, vzděláváním a dalšími
aktivitami na národní a mezinárodní úrovni.
Ústav molekulární biologie rostlin provádí studium struktury, molekulární organizace a evoluce genomů rostlin, studium
fotosyntetických procesů na molekulární i rostlinné úrovni, molekulární analýzu virů, viroidů, fytoplazem a fytopatogenních bakterií,
výzkum podstaty jejich patogenity na molekulární úrovni a vývoj molekulárních metod pro detekci těchto patogenů.
Hydrobiologický ústav pokračoval v komplexním limnologickém výzkumu údolních nádrží a vybraných jezer v roce 2010. Nedošlo k
žádným změnám v zaměření ústavu.
Ústav půdní biologie rozvíjel základní disciplíny půdní biologie. Prioritou byl výzkum struktury a dynamiky společenstev půdních biot v
přirozených a lidskou činností ovlivněných ekosystémech; výzkum vzájemných vztahů mezi půdní mikroflórou a půdní faunou v půdě a
jeskynním prostředí, výzkum koloběhů makrobiotických prvků a jiných elementů v půdě, včetně tvorby a emise skleníkových plynů.
Anglicky: Biology Centre ASCR, v. v. i. (BC) consists of five institutes which have independent research programmes. The following
report is a short review of specific institutional research projects:
The Institute of Entomology carries on basic research in insect ecology and conservation, physiology and developmental biology,
genetics and molecular biology. Current research topics include studies on insect biodiversity, dynamics of insect populations, trophic
interactions, diapause and cold acclimation, molecular evolution of sex chromosomes, hormonal and genetic control of insect
development, and molecular mechanisms of circadian rhythmicity.
The Institute of Parasitology performs basic research on human and animal parasites at the organismal, cellular and molecular levels.
Its mission is to acquire, advance and disseminate knowledge of the biology and host relationships of parasitic protists and related
eukaryotic microorganisms, helminths and arthropods, and pathogens transmitted by ticks. The Institute pursues this goal through
research, education and other activities at both the national and international levels.
The Institute of Plant Molecular Biology conducts basic research on structure, molecular organization and evolution of plant genomes
and chromosomes, studies on photosynthetic processes on molecular and tissue levels and in molecular analysis of viruses, viroids,
phytoplasmas and phytopathogenic bacteria, revealing molecular basis of their pathogenicity, and development of the molecular–based
detection methods.
The Institute of Hydrobiology continued the complex limnological investigation of reservoirs and selected lakes in 2010. No changes in
the orientation of the Institute took place.
2
The Institute of Soil Biology is solving theoretical and practical problems of the maintenance and regeneration of soil fertility, especially
with the structure and dynamics of soil organism communities in both natural and human-affected ecosystems, interactions among the
soil animals, microorganisms and abiotic factors in soil and cave environment, the formation of soil microstructure, nutrient cycling, and
humus formation.
2b)
1
Pořadové
číslo
ENTÚ
1
2
výčet nejdůležitějších výsledků vědecké činnosti
2
Výsledek
3
Číslo citace
výsledku
Pohyby, fúze a uzavírání epiteliálních tkání jsou zásadní pro vývoj živočichů (embryogeneze, hojení jizev).
Octomilka Drosophila melanogaster poskytuje několik modelových příkladů takových epiteliálních pohybů a
fúzí. Zajímavým případem je formování zadečku (abdomenu) dospělé mouchy. Během metamorfózy larvy v
dospělce zanikají velké larvální epidermální buňky (LEC), které musí epitel opustit a vytvořit tak místo pro nové
buňky (histoblasty), které se rychle dělí a migrují, dokud neobsadí celý povrch abdomenu; poté vytvoří kutikulu
dospělce. Regulace této složité výměny buněčných populací není jasná. Celý proces, stejně jako metamorfózu
ostatních tkání, stimuluje steroidní hormon ekdyson, a odstranění LEC vyžaduje změny cytoskeletu závislé na
signální dráze Rho. Novým poznatkem bylo, že protein Atf3, transkripční faktor z rodiny bZIP, hraje v
metamorfóze abdomenu roli. Aktivita genu atf3 musí být během výměny buněčných populací potlačena, jinak
Atf3 zablokuje odstranění LEC z epitelu tím, že interferuje se signalizací Rho a zvyšuje tak soudržnost LEC.
Tyto staré larvální buňky pak brání uzavření epitelu dospělce. K tomuto účinku Atf3 nutně vyžaduje svého
vazebného partnera, známý onkoprotein Jun. Ačkoli interakce těchto dvou důležitých regulačních proteinů byla
dobře známa ze studií na buněčných liniích, naše výsledky poprvé prokázaly vývojovou funkci komplexu Atf3Jun in vivo. Viz Anotace č. 1
Transkripce cirkadiánního genu tim je regulována proteinovým komplexem dCLK/CYC, který přímo reaguje
s řadou částí promotoru genu timeless u drosofily. Tim promotor z D. melanogaster byl podrobně studován u
octomilky, ne však u jiných druhů. Výsledkem naší práce je podrobná funkční analýza promotoru tim z mouchy
Chymomyza costata ve tkáňové kultuře. Porovnáním wt (wild) a npd mutantů v tim promotoru bylo potvrzeno,
že odstraněním 1855 bp v npd mutantu se dosáhne odstranění důležitých regulačních částí genu včetně
minimálního promotoru a následně potlačení exprese tim mRNA. Odstranění a náhrada mutací wt tim
promotorů ukázalo, které oblasti genu jsou nezbytné pro expresi CLK/CYC. Dále byly u dospělců C. costata
1
3
2
1
Pořadové
číslo
3
PAÚ
4
5
2
Výsledek
kvantifikovány exprese cirkadiánních genů timeless, period, vrille, a doubletime. Mezi profily pro expresi tim,
per, a vri u divokých (wt) a npd mutantů byly nalezeny velké rozdíly.
Spotánní sukcese a rekultivace lomů. Autoři v práci potvrdili na rozsáhlém vzorku téměř 700 druhů členovců
(herbivorních, karnivorních, omnivorních a detritivorních), že u lomů ponechaných spontánní sukcesi a lomů
technicky rekultivovaných je sice počet druhů srovnatelný, ale v případě spontánní sukcese je podíl vzácných a
xerofilních druhů vyšší. Výsledky ukazují, že z hlediska biodiverzity je přírodní sukcese lepší než technické
rekultivace.
Plastidy výtrusovců, obrněnek a heterokontních řas sdílejí společný původ. Objev zbytkového plastidu
(apikoplastu) v parazitech kmene Apicomplexa (výtrusovci; např. původce malárie Plasmodium falciparum, či
teratogenní parazit Toxoplasma gondii) ukázal nejen na zřejmý fotosyntetický původ těchto parazitů, ale
nastartoval též debatu o konkrétním původu tohoto sekundárního plastidu. Většina z dosavadních výsledků
naznačuje, že apikoplast pochází z ruduchy pohlcené v sekundární endosymbióze, zatímco jiné inklinují spíše
k jeho původu v zelené řase. Možnost vyřešit toto dilema poskytl až nedávný objev fotosyntetického
předchůdce výtrusovců, sekundární řasy s názvem Chromera velia, která byla izolovaná z australských
tvrdých korálů. Výsledky studie publikované v Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A.
(PNAS) předkládají silné důkazy pro původ apikoplastu v ruduchách a představují tak práci zcela zásadní pro
pochopení evoluce výtrusovců, jedné z nejnebezpečnějších linií parazitů člověka. Viz ANOTACE č. 2
Protein klíštěcích slin působí na katepsin G a chymázu a inhibuje zánět a agregaci krevních destiček
hostitele. Klíštěcí sliny obsahují řadu molekul, které ovlivňují hemostázu i imunitní systém hostitele. Objevili
jsme novou strategii, kterou používá klíště Ixodes ricinus, hlavní přenašeč Lymské boreliózy a klíšťové
encefalitidy v Evropě, k usnadnění sání hostitelské krve. Poprvé jsme prokázali, že inhibitor serinových
preoteáz (serpin) IRS-2, obsažený ve slinách klíštěte, inhibuje dvě prozánětlivé serinové proteázy katepsin G z
neutrofilních leukocytů a chymázu z žírných buněk. Díky této aktivitě potlačuje IRS-2 agregaci krevních
destiček indukovanou katepsinem G a vývoj zánětu inhibicí přílivu neutrofilů do zánětlivého ložiska. IRS-2 tedy
hraje při sání klíštěte dvojí úlohu, potlačuje vývoj zánětlivé obranné reakce a současně i hojení rány způsobené
kousnutím klíštěte. Výsledky zahrnují i krystalovou strukturu serpinu, která je první publikovaná pro parazitický
organismus. Tento klíštěcí serpin představuje nově identifikovaný protein s možným využitím k léčbě lidských
zánětlivých onemocnění.
4
3
Číslo citace
výsledku
3
5
6
1
Pořadové
číslo
2
Výsledek
3
Číslo citace
výsledku
6
Nevyhnutelná cesta k nevyléčitelné složitosti? S cílem doplnit či rozšířit darwinismus jsme představili teorii,
vycházející z konstruktivní neutrální evoluce, kterou nazýváme „nevyléčitelná složitost“. Podle této teorie
způsobují některé mutace v buňce situace, kdy k aktivitě, kterou původně zvládala jedna komponenta, jsou od
určitého momentu nutné komponenty dvě. Zpětné zjednodušení této vzájemné závislosti je velmi
nepravděpodobné, naopak se systém obvykle vyvíjí k narůstající složitosti, aniž by ovšem tento nárůst přinášel
nějakou selekční výhodu. Univerzální platnost této „byrokratizace“ buňky ukazujeme na popisu několika
příkladů extrémní složitosti (= komplexity) na buněčné a molekulární úrovni. Jedná se o všudypřítomné
buněčné struktury jako je ribozóm, světlosběrné antény, mitochondriální respirační komplexy, proteinové
importní komplexy, RNA a DNA polymerázy a jejich iniciační, elongační a terminační komplexy apod. Nejen že
si lze ve všech těchto případech představit jednodušší strukturu plnící stejnou funkci, ale takové struktury byly i
popsány. Ačkoli jejich složitost tudíž nepředstavuje žádnou (zjistitelnou) selekční výhodu, přesto se takové
supersložité struktury vyvinuly a jejich vznik tak dle našeho názoru odráží aktivní a mimořádně rozšířenou
evoluční sílu.
4
Mezofylová vodivost pro oxid uhličitý na úrovni listu a porostu – vliv abscisové kyseliny a atmosférické
koncentrace CO2 Jde o první práci ukazující zda a jak se mění vodivost mezofylu (gm) pro CO2 na úrovni
celého porostu rostlin. Ukázali jsme, že gm za normálních okolností není příliš citlivá na změny atmosférické
koncentrace CO2 (ca) ale při půdním suchu simulovaném přidání abscisové kyseliny reaguje citlivě na ca:
zvyšuje se při nízké a snižuje při vysoké ca. Výsledky jsme srovnávali s našimi předchozími měřeními na úrovni
listu.
Vývoj nových bioinformatických metod pro detekci a charakterizaci repetitivních sekvencí v genomech
rostlin Repetitivní DNA, která se skládá z velkého množství sekvenčně různorodých skupin transpozónů a
tandemových repetic, tvoří většinu jaderné DNA vyšších rostlin. Výzkum jejího složení, uspořádání v genomu a
mechanizmů evoluce je nutný jak pro pochopení fundamentálních procesů evoluce a funkce genomů rostlin,
tak pro mapování a případné cílené manipulace genomů agronomicky významných druhů. Velkým příslibem
pro urychlení tohoto výzkumu jsou v současné době zaváděné technologie masivně–paralelního sekvenování
genomů, které však vyžadují vývoj nových nástrojů pro analýzy velkých množství sekvenačních dat, které
produkují. V naší laboratoři se podařilo vyvinout několik principiálně nových metod pro identifikaci a podrobnou
charakterizaci.
7
ÚMBR
7
8
5
8, 10
1
Pořadové
číslo
2
Výsledek
3
Číslo citace
výsledku
9
Vyvinuli jsme novou metodu pro testování účinků protivirových látek na rostlinné viry. Vyvinuli jsme
novou metodu pro testování účinků protivirových látek na rostlinné viry. Metoda využívá rychle rostoucích
brukvovitých rostlin in vitro na tekutém médiu v magentách. Umožňuje výměnu média obsahujícího testované
látky v různých koncentracích a současné hodnocení jejich protivirové aktivity a fytotoxicity. Potenciální
protivirové látky mohou být touto metodou zjištěny za 6–9 týdnů, v porovnání s dobou 6 měsíců, v dosud
používaných testech, prováděných na explantátech rostoucích na pevném médiu.
9
Hlavní faktory určující výskyt jedné z klíčových skupin bakterioplaktonu, klastr R-BT065
(Betaproteobacteria) byly studovány na vzorcích ze 102 vodních ekosytémů na území ČR a Rakouska.
Přibližně 30 izolátů z tohoto klastru bylo již izolováno a 4 druhy byly popsány. U dvou z těchto izolátů, které
jsou velmi blízce příbuzné, byly studovány jejich ekofyziologické vlastnosti, zejména jejich odolnost vůči
zdrojům buněčné mortality, tj. predace prvoky a virové lyze. Dále jsem se zaměřili na studium distribuce,
abundance a hlavních faktorů určujících výskyt skupiny Polynucleobacter (Betaproteobacteria) napříč širokým
spektrem habitatů a identifikovali jako první ekologickou diferenciaci uvnitř jednoho druhu sladkovodní bakterie.
Význam fotochemického rozkladu rozpuštěných přírodních organických látek na jejich schopnost
komplexovat ve vodními prostředí kovy byl prokázán experimentálními přístupy.
Teorie diurnální změny. Byla rozpracována teorie diurnální změny naplněnosti a saturace tenatních sítí, které
jsou v současné době hlavní metodikou pro vzorkování rybích populací stojatých vod v Evropě. Získané
modely umožňují dosáhnout srovnatelnost úlovků z různě zarybněných lokalit a při různě dlouhých expozicích
sítí. Výsledky doplní Evropský standard pro vzorkování rybích obsádek tenatními sítěmi.
11-17
HBÚ
10
11
12
ÚPB
13
pH významně ovlivňuje emise oxidu dusného z půdy do atmosféry. V polním experimentu, ve kterém bylo
po dobu 10 měsíců opakovaně upravováno půdní pH, byly stanovovány emise N2O a N2 s použitím metody
toku plynů značených 15N a odebírány půdní vzorky pro měření potenciální denitrifikační aktivity a velikosti
denitrifikačního společenstva pomocí kvantitativní PCR denitrifikačních genů narG, napA, nirS, nirK a nosZ.
Výsledky ukázaly, že půdní pH významně ovlivňuje množství a poměr dvou nejvýznamnějších produktů
denitrifikace, oxidu dusného a molekulárního dusíku. Při snížení pH půdy narůstá relativní množství oxidu
dusného, při zvýšení pH naopak relativně převažuje tvorba dusíku. Výsledky mají potenciálně velký význam
pro možnost regulace emisí oxidu dusného z půd. (obr_BC-UPB_2b_1“)
6
18
19, 20
21
1
Pořadové
číslo
2
Výsledek
3
Číslo citace
výsledku
14
Mikroflóra jeskyně Lascaux a ochrana paleolitických maleb. Jeskyně Lascaux (Montignac, Francie) je
význačná přítomností nástěnných maleb z období svrchního paleolitu. V poslední době však bylo pozorováno
poškození těchto maleb, pravděpodobně mikrobiálního původu. Proto byla mezinárodním týmem realizována
studie rozvoje mikroorganismů v dané jeskyni, zahrnující výzkum mikroskopických hub, bakterií, aktinomycet a
molekulární analýzy. Ukázalo se, že velká část mikrobního společenstva je tvořena entomopatogenními
houbami. Nejčastěji se vyskytující druhy mikromycetů (Fusarium solani a Scolecobasidium cf. tshawytschae)
byly následně testovány v potravních pokusech s jeskynními bezobratlými, a výsledky testů naznačují nové
možnosti v boji jejich masivním rozvojem.
Nová metoda pro extrakci vířníků z půdy. Populační hustota vířníků (Rotifera) v půdních společenstvech
byla až dosud obtížně kvantifikovatelná vzhledem k absenci vhodné metody pro jejich získávání ze substrátu. V
posledních dvou letech byla v ÚPB vyvinuta metoda založená na vlastní aktivitě organismů. Ta poskytuje
uspokojující výsledky a umožňuje i detailní druhovou determinaci. Testy nově zkonstruovaného LC extraktoru
prokázaly o dva řády vyšší efektivitu než dosud používaná metoda Baermannových nálevek.
22
15
2c)
23
anotace nejvýznamnějších výsledků z bodu 2b)
Pořadové číslo anotace: 1
Název česky: Přestavba epidermis během proměny larvy v dospělou mouchu
Název anglicky: Remodeling of epidermis during larva to adult fly transformation
Popis výsledku česky: Pohyby, fúze a uzavírání epiteliálních tkání jsou zásadní pro vývoj živočichů, např. během embryogeneze, ale
také při hojení jizev. Moucha octomilka, Drosophila melanogaster, poskytuje několik modelových příkladů takových epiteliálních pohybů a
fúzí. Zajímavým případem je formování zadečku (abdomenu) dospělé mouchy. Během metamorfózy muší larvy v dospělce zanikají velké
larvální epidermální buňky (LEC). Ty musí epitel opustit a vytvořit tak místo pro nové buňky (histoblasty), které se rychle dělí a migrují,
dokud neobsadí celý povrch abdomenu; poté vytvoří kutikulu dospělce. Regulace této složité výměny buněčných populací není jasná.
Vědělo se, že celý proces, stejně jako metamorfózu ostatních tkání, stimuluje steroidní hormon ekdyson, a že odstranění LEC vyžaduje
změny cytoskeletu závislé na signální dráze Rho. Překvapivě jsme zjistili, že protein Atf3, transkripční faktor z rodiny bZIP, hraje v
metamorfóze abdomenu roli. Aktivita genu atf3 musí být během výměny buněčných populací potlačena, jinak Atf3 zablokuje odstranění
LEC z epitelu tím, že interferuje se signalizací Rho a zvyšuje tak soudržnost LEC. Tyto staré larvální buňky pak brání uzavření epitelu
dospělce. K tomuto účinku Atf3 nutně vyžaduje svého vazebného partnera, známý onkoprotein Jun. Ačkoli interakce těchto dvou
7
důležitých regulačních proteinů byla dobře známa ze studií na buněčných liniích, naše výsledky poprvé prokázaly vývojovou funkci
komplexu Atf3-Jun in vivo. Studii jsme publikovali ve spolupráci s naší bývalou studentkou, nyní vedoucí laboratoře v Kolíně nad Rýnem,
M. Uhlířovou, v časopise Development s ilustrací na přední straně.
Popis výsledku anglicky: Movements, fusions and closures of epithelial tissues are important for animal development, e.g. during
embryogenesis but also for healing of wounds. The fruit fly, Drosophila melanogaster, offers several model examples of such epithelial
movements and fusions. An interesting case is the formation of the adult fly abdomen. During metamorphosis of a maggot into fly, large
larval epidermal cells (LEC) must leave the epithelium to free space for new cells (histoblasts), which rapidly proliferate and migrate to
occupy the entire surface of the abdomen, then produce the adult cuticle. Regulation of this complex exchange of cell populations is
unclear. It has been known that the entire process, like metamorphosis of other tissues, is stimulated by the steroid hormone ecdysone,
and that the extrusion of LEC requires cytoskeleton changes dependent on the Rho signaling pathway. Unexpectedly we have implicated
in the abdominal morphogenesis Atf3, a transcription factor of the bZIP family. Activity of the atf3 gene must be restricted during the
exchange of the two cell populations, as deregulated atf3 blocks removal of LEC from the epithelium by interfering with Rho signaling and
increasing LEC adhesiveness. These obsolete larval cells consequently obstruct closure of the adult epithelium. To exert this effect, Atf3
requires its binding partner, the oncoprotein Jun. Although interaction between these two regulatory proteins has been well documented
by in vitro studies on mammalian cell lines, our results for the first time demonstrate a developmental function of the Atf3-Jun complex in
vivo. We have published this study in collaboration with our former student, now group leader at the University of Cologne, M. Uhlirova, in
the journal Development with a cover illustration.
Citace výstupu: Sekyrová, P., Bohmann, D., Jindra, M. and Uhlířová, M. (2010) Interaction between Drosophila bZIP proteins Atf3 and
Jun prevents replacement of epithelial cells during metamorphosis. Development 137, 141-150. IF=7,194]
Číslo ilustrace: „obr._BC-ENTU_2c-1“
Spolupracující subjekt: Department of Biomedical Genetics, University of Rochester, Medical Center, Rochester, NY 14642, USA
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): M. Jindra, 387775232, [email protected]
Název česky: Plastidy výtrusovců, obrněnek a heterokontních řas sdílejí společný původ
Název anglicky: A common red algal origin of the apicomplexan, dinoflagellate, and heterokont plastids
Popis výsledku česky: Objev zbytkového plastidu (apikoplastu) v parazitech kmene Apicomplexa (výtrusovci; např. původce malárie
Plasmodium falciparum, či teratogenní parazit Toxoplasma gondii) ukázal nejen na zřejmý fotosyntetický původ těchto parazitů, ale
nastartoval též debatu o konkrétním původu tohoto sekundárního plastidu. Většina z dosavadních výsledků naznačuje, že apikoplast
pochází z ruduchy pohlcené v sekundární endosymbióze, zatímco jiné inklinují spíše k jeho původu v zelené řase. Možnost vyřešit toto
dilema poskytl až nedávný objev fotosyntetického předchůdce výtrusovců, sekundární řasy s názvem Chromera velia, která byla
izolovaná z australských tvrdých korálů a velmi recentně také příbuzného izolátu CCMP3155. Česko-kanadský výzkumný tým (Jan
8
Janouškovec, Aleš Horák, Miroslav Oborník, Julius Lukeš a Patrick J. Keeling) provedl sekvenční analýzu jejich plastidů a s nimi
spojených jaderně kódovaných metabolických genů. Ta ukázala, že plastid CCMP3155 i C. velia sdílejí společného předka
s apikoplasty, ale také s komplexními plastidy obrněnek a heterokontních řas (např. rozsivek). Zároveň je zcela zřejmé, že všechny tyto
plastidy, včetně apikoplastu, vznikly z červených řas (ruduch) prostřednictvím procesu sekundární endosymbiózy. Získané výsledky také
naznačují, že již společný předek výtrusovců a obrněnek (Dinophyta) obsahoval tento plastid a že heterotrofní linie v rámci obrněnek a
bazální linie výtrusovců postrádající plastid musely vzniknout ztrátou fotosyntetické schopnosti či celého plastidu a nikoliv nezávislým
získáním plastidu v navazujících fotosyntetizujících liniích. Je také zřejmé, že C. velia a CCMP3155 představují separátní linie prvoků,
které jsou však obě blízce příbuzné parazitickým výtrusovcům. Výsledky studie publikované v Proceedings of the National Academy of
Sciences of the U.S.A. (PNAS) předkládají silné důkazy pro původ apikoplastu v ruduchách a představují tak práci zcela zásadní pro
pochopení evoluce výtrusovců, jedné z nejnebezpečnějších linií parazitů člověka.
Popis výsledku anglicky: The discovery of a nonphotosynthetic plastid in malaria and other apicomplexan parasites has sparked a
contentious debate about its evolutionary origin. Molecular data have led to conflicting conclusions supporting either its green algal origin
or red algal origin, perhaps in common with the plastid of related dinoflagellates. This distinction is critical to our understanding of
apicomplexan evolution and the evolutionary history of endosymbiosis and photosynthesis; however, the two plastids are nearly
impossible to compare due to their non-overlapping information content. Czech-Canadian team (Jan Janouškovec, Aleš Horák,
Miroslav Oborník, Julius Lukeš and Patrick J. Keeling) described the complete plastid genome sequences and plastid-associated data
from two independent photosynthetic lineages represented by Chromera velia and an undescribed alga CCMP3155 that are closely
related to apicomplexans. These plastids contain a suite of features retained in either apicomplexan (four plastid membranes, the
ribosomal superoperon, conserved gene order) or dinoflagellate plastids (form II Rubisco acquired by horizontal transfer, transcript
polyuridylylation, thylakoids stacked in triplets) and encode a full collective complement of their reduced gene sets. Together with whole
plastid genome phylogenies, these characteristics provide multiple lines of evidence that the extant plastids of apicomplexans and
dinoflagellates were inherited by linear descent from a common red algal endosymbiont. Phylogenetic analyses also support their close
relationship to plastids of heterokont algae, indicating they all derive from the same endosymbiosis. Altogether, these findings support a
relatively simple path of linear descent for the evolution of photosynthesis in a large proportion of algae and emphasize plastid loss in
several lineages (e.g., ciliates, Cryptosporidium, and Phytophthora).
Citace výstupu: Janouškovec, J. – Horák, A. – Oborník, M. – Lukeš, J. – Keeling, P.J. A common red algal origin of the apicomplexan,
dinoflagellate, and heterokont plastids. Proceedings of the National Academy of Sciences of USA 107: 10949-10954 (2010). [IF=9,432]
Číslo ilustrace: 0
Spolupracující subjekt:
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Miroslav Oborník, 387775428, [email protected]
9
Název česky: Dynamika změn mezofylové vodivosti pro CO2 na úrovni porostu ovlivněná koncentrací CO2 a abscisovou
kyselinou
Název anglicky: Dynamic changes of canopy–scale mesophyll conductance to CO2 diffusion of sunflower as affected by CO2
concentration and abscisic acid
Popis výsledku česky: Jde o první práci ukazující zda a jak se mění vodivost mezofylu (gm) pro CO2 na úrovni celého porostu rostlin.
Ukázali jsme, že gm za normálních okolností není příliš citlivá na změny atmosférické koncentrace CO2 (ca) ale při půdním suchu
simulovaném přidání abscisové kyseliny reaguje citlivě na ca: zvyšuje se při nízké a snižuje při vysoké ca. Výsledky jsme srovnávali
s našimi předchozími měřeními na úrovni listu.
Popis výsledku anglicky: Here, we report the effect of variation of atmospheric CO2 concentration (ca) on canopy–scale mesophyll
conductance for CO2 (gm) in sunflower in the presence of abscisic acid (ABA). Without ABA, ca had little effect on gm, but addition of
ABA strongly affected the gm response to CO2.
Citace výstupu: Schaufele R. – Santrucek J. – Schnyder H.: Dynamic changes of canopy–scale mesophyll conductance to CO2
diffusion of sunflower as affected by CO2 concentration and abscisic acid. Plant, Cell and Environment. Roč. 34, (2011), s. 127–136. [IF =
5.081]
Spolupracující subjekt: Technická univerzita v Mnichově; Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e–mail): Jiří Šantrůček, 387772353, [email protected]
Název česky: Faktory určující výskyt a diverzitu dvou skupin Betaproteobacteria
Název anglicky: Factors responsible for distribution and diversity of two major groups of Betaproteobacteria
Popis výsledku česky: Dvě klíčové skupiny mikrobů ze skupiny Betaproteobacteria - Limnohabitans a Polynucleobacter - byly
identifikovány jako jedny z nejdůležitějších ve sladkovodním bakterioplanktonu. Byly nalezeny téměř všude, byla popsána jejich
abundance, distribuce, preference pro různé typy habitatů a rozdíly v asimilaci substratů. Poprvé byl také izolován a popsán rod
Limnohabitans a čtyři jeho druhy. V návaznosti na úspěšnou izolaci byly provedeny pokusy dokazující separaci ekologických nik mezi
blízce příbuznými druhy rodu Limnohabitans a vliv predace prvoky a virové lyze na růst těchto bakterií. U druhu Polynucleobacter
necessarius byla poprvé u sladkovodních bakterií popsána ekologická diferenciace, umožňující osídlení silně kontrastních habitatů.
Navíc se nám podařilo popsat a definovat ekotypy bakterií tohoto důležitého klastru, které ačkoliv fylogeneticky příbuzné, vykazují velké
rozdíly v preferenci habitatů, ekofyziologii a odpovědích na měnící se podmínky prostředí (Obr.2).
Popis výsledku anglicky: Two key groups of microbes affiliated with the Betaproteobacteria received our immense attention during the
last year. Those globally distributed groups, represented here by the genus Limnohabitans and species-like cluster of Polynucleobacter,
10
differ fundamentally in their habitat preferences, distribution, metabolical activities and abundance. Just recently, a successful isolation
and description of the first strains of the genus Limnohabitans has made it possible to conduct a comprehensive study focused on niche
separation between their coexisting, closely related members. Interactions between these strains, predators and viruses have been
recorded, suggesting contrasting ecophysiological capabilities between the closely related ecotypes. Moreover, ecological differentiation
within the most important subspecies of Polynucleobacter was identified and described. Thirteen different ecotypes of freshwater
Polynucleobacter were found to occupy contrasting habitats (Fig.1).
Citace výstupu: Šimek, K. - Kasalický, V - Jezbera J. - Jezberová J. - Hejzlar, J. - Hahn, M. W.: Broad habitat range of the
phylogenetically narrow R-BT065 cluster representing a core group of the betaproteobacterial genus Limnohabitans. Applied
Environmental Microbiology (2010): Roč. 76, č. 3 (2010) s. 631- 639. [IF = 4,926]
Hahn, M. W. - Kasalický, V. - Jezbera J. - Brandt U. - Šimek, K. : Limnohabitans australis sp. nov., isolated from a freshwater pond.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Roč. 60, (2010) s. 2946 - 2950. [IF=2,222]
Kasalický V. - Jezbera, J. - Šimek, K. - Hahn M. W.: Limnohabitans planktonicus sp. nov., and Limnohabitans parvus sp. nov., two
novel planktonic Betaproteobacteria isolated from a freshwater reservoir. International Journal of Systematic and Evolutionary
Microbiology. Roč. 60, (2010) s. 2710 - 2714. [IF=2,222]
Hahn, M.W. - Kasalický, V. - Jezbera J. - Brandt U. - Jezberová J. - Šimek, K.: Limnohabitans curvus gen. nov., sp. nov., a planktonic
bacterium isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Roč. 60, (2010) s 1358–
1365. [IF=2,222]
Šimek, K. - Kasalický, V. - Horňák, K. - Hahn, M. W. - Weinbauer M. G.: Assessing niche separation in coexisting Limnohabitans
strains through interactions with a competitor, viruses, and a bacterivore. Applied Environmental Microbiology Roč. 76, č. 5 (2010) s.
1406–1416 [IF=3,686]
Jezberová, J. - Jezbera, J. - Brandt, U. - Lindstroem, E.S. - Langenheder, S. - Hahn, M.W.: Ubiquity of Polynucleobacter necessarius
ssp asymbioticus in lentic freshwater habitats of a heterogenous 2000 km2 area. Environental Microbiology Roč. 12, č. 3 (2010) s. 658–
669. [IF=4,909]
Jezbera, J. - Jezberová, J. - Brandt, U. - Hahn, M.W.: Ubiquity of Polynucleobacter necessarius subspecies asymbioticus results from
ecological diversification. Environmental Microbiology (2010) V tisku. [IF=4,909]
Číslo ilustrace: „obr_BC-HBU_2c_2“
Spolupracující subjekt: Institute of Limnology, Austrian Academy of Sciences, Mondsee, Mondsestrasse 9, Austria, Dr. Martin Hahn
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Jan Jezbera, 387 775 841, [email protected]
Název česky: Identifikace a izolace nových sekundárních metabolitů aktinomycet s protizánětlivými a anti-apoptotickými účinky
11
Název anglicky: Identification and isolation of actinomycete secondary metabolites with anti-inflammatory and anti-apoptotic
activities
Popis výsledku česky: Půdní streptomycety mohou produkovat antibiotika tzv. manumycínového typu, které mají schopnost modulovat
imunitní odpověď organismu, působit protizánětlivě a anti-apopticky, čehož je možné využít v léčbě rakoviny. Tato antibiotika jsou
charakteristická mimo jiné tím, že mají ve své struktuře zabudovanou C5N jednotku. Cílem práce bylo identifikovat streptomycety,
potenciální producenty antibiotik manumycínového typu, pomocí metody genového vyhledávání. V genomu streptomycet jsme zjišťovali
gen hemA-asuA, který kóduje syntézu prekurzoru C5N jednotky, kyselinu 5-aminolevulinovou. U pozitivně hybridizujících kmenů byla
následně provedena genová manipulace, při které byla do kmenů streptomycet vpravena kopie hemA-asuA genu pomocí konjugace s E.
coli. Následovalo ověření opětovnou detekcí genu pomocí Southernovy hybridizace. Pro potvrzení zvýšené produkce žádaných
metabolitů byla provedena extrakce biologicky aktivních látek, jejich chromatografické rozdělení a ověření antibiotických účinků
izolovaných látek biologickou zkouškou. Bylo testováno 350 kmenů streptomycet na přítomnost genu pro syntézu 5-aminolevulinové
kyseliny a u 15 kmenů byla přítomnost genu potvrzena. Genovou manipulací u pozitivně hybridizujících kmenů bylo získáno 6 konjugantů
s pALS4K plazmidem a 4 s kontrolním pMS17 plazmidem. Vyšší frekvence kopií genu pro syntézu 5-aminolevulinové kyseliny byla
potvrzena u dvou námi konjugovaných kmenů streptomycet metodou genového prověřování. Následně u nich provedená biologická
zkouška prokázala zvýšenou produkci biologicky aktivních látek v porovnání s kontrolním kmenem.
Popis výsledku anglicky: The aim of this study was to screen for new secondary metabolites producers (manumycin antibiotics) in
environmental actinomycete collection, to improve these strains and to test their capability to produce higher amounts of target
metabolite. Manumycin-type of antibiotics has large biotechnological significance, because of their antibiotic, anti-inflammatory, anticancer and anti-apoptotic activities. The typical structure consists of 2 polyketide chains linked by mC7N moiety and the presence of C5N
moiety in the lower chain. Southern blot hybridization technique was employed to screen the presence of hemA-asuA gene responsible
for biosynthesis of 5-aminolevulinate acid, the precursor of C5N unit. Streptomycete strains, which positively hybridized with the gene
probe, were thereafter genetically improved. In order to gain these modified strains, the second copy of hemA-asuA gene was integrated
to the chromosome of the positive strains with the help of the conjugative vector transferred from Escherichia coli. Conjugants were
selected to apramycin resistance. The presence of second copy of target gene was proved by additional Southern hybridization and by
biological assay. In total, 350 strains of soil Streptomycetes were tested for the presence of hemA-asuA homologue and 15 positive
strains were obtained. Six of them were successfully manipulated using conjugation experiments.
Citace výstupu: Chroňáková A. - Krištůfek V. - Tichý M., - Elhottová D.: Biodiversity of streptomycetes isolated from successional
sequences on brown coal colliery substrates and their evidence in Miocene lacustrine sediment. Research in Mikrobiology, Roč. 165
(2010), s. 594-608. [IF = 2.154] – viz citace č. 24
Hill, P. - Krištůfek, V. - Dijkhuizen, L. - Boddy, Ch. - Kroetsch, D. - Elsas van, J.D.: Land use intensity controls actinobacterial
community structure. Microbial Ecology, v tisku (DOI 10.1007/s00248-010-9752-0). [IF = 3.251] – viz citace č. 25
12
Spolupracující subjekt: MBÚ AV ČR, v.v.i.; IKEM Praha, APRONEX s.r.o.
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Václav Krištůfek, 387775752, [email protected]
2d)
1
Číslo
1
2
3
4
domácí a zahraniční ocenění zaměstnanců pracoviště
2
Jméno oceněného
V. Křivan
Céline LEVRON
Alena ZÍKOVÁ
Prof. Karel Šimek
2e)
3
4
Druh a název ocenění
Oceněná činnost
Theoretical Population
publikace Křivan, Cressman,
Biology Top Cited Article Schneider: The ideal free
2008-2010
distribution: A review and
synthesis of the game-theoretical
perspective. Theoretical
Population Biology, 73 (3), 2008
Prémie O. Wichterle
vědecké výsledky
Prémie O. Wichterle
vědecké výsledky
DOCTEUR HONORIS
za výsledky ve vědecké a
CAUSA
pedagogické činnosti
5
Ocenění udělil
Dale Seaton,
Executive
Publisher, BiologyParasitology
Elsevier
předseda AV ČR
předseda AV ČR
L’Universite Blaise
Pascal, ClermontFerrand, Francie)
další specifické informace o pracovišti
ENTÚ - Sbírkový materiál několika skupin hmyzu: mšice Palearktu, lumčíci, jepice, vybrané skupiny motýlů a brouků.
PAÚ - Sbírka cizopasných prvoků, členovců a helmintů (přes 3000 durhů), největší ve střední Evropě (viz www.paru.cas.cz)
Vydávání mezinárodního vědeckého časopisu Folia Parasitologica (viz bod 3d)
ÚPB spravuje sbírky životaschopných mikroorganismů (více něž 1200 kmenů mikroskopických hub, 2500 kmenů řas a sinic, a 800
kmenů aktinomycet) a rozsáhlé sbírky půdních bezobratlých živočichů. Sbírky jsou využívány jak pro vědecké účely, tak pro výuku a
představují potenciál pro biotechnologické využití. („obr_BC-UPB_2e_1“)
13
3. Vzdělávací činnost
3a)
1
Číslo
účast pracoviště na terciárním vzdělávání (uskutečňování bakalářských, magisterských a doktorských
studijních programů)
3
Název VŠ
4
Přednáš
ky
5
Cvičení
6
Vedení
prací
7
Učební
texty
Biologie
Biologie a didaktika
Analytická a fyzikální chemie
Matematika
Jihočeská univerzita v Č. B. - PřF
Jihočeská univerzita v Č. B. VURH
PřF Jihočeské univerzity
ano
ano
ano
ano
ano
0
ano
ano
ano
0
0
0
ano
ano
0
ano
Biologie – příprava na magisterské
studium
Biomedicínská laboratorní technika
Biochemie (Biochemistry),
přeshraniční studijní program
ano
ano
ano
ano
Jihočeská univerzita, Univerzita
Johana Keplera v Linci, Rakousko
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
Biofyzika
Biologická chemie
Biologische chemie
Biologie
Chemie
Technische chemie
Zemědělské biotechnologie
Univ. J.Keplera v Linci, Rakousko
Univ. J.Keplera v Linci, Rakousko
Jihočeská univerzita v Č. B. - ZF
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
0
0
0
ano
0
0
ano
ano
ano
ano
ano
0
0
ano
0
ano
ano
ano
ano
ano
ano
Péče o životní prostředí – specializace Jihočeská univerzita v Č. B. - PřF
hydrobiologie
ano
ano
ano
2
Bakalářský program
8
Jiné
ENTÚ
1
2
PAÚ
3
4
5
ÚMBR
6
7
8
9
10
11
12
HBÚ
13
14
0
0
0
0
0
0
0
1
Číslo
ÚPB
14
15
16
1
Číslo
2
Bakalářský program
3
Název VŠ
4
Přednáš
ky
Biologie
Jihočeská univerzita v Č.B. PřF,ZF
Ekologie a ochrana prostředí
Jihočeská univerzita v Č. B.PřF,ZF
Chemie a technologie paliv a prostředí VŠCHT Praha
- Energetika
2
Magisterský program
3
Název VŠ
5
Cvičení
6
Vedení
prací
ano
ano
ano
7
Učební
texty
8
Jiné
Vedení
odborné
praxe
4
Přednáš
ky
5
Cvičení
6
Vedení
prací
7
Učební
texty
8
Jiné
ano
ano
ano
0
ano
ano
ano
ano
0
0
ano
0
3
ENTÚ
1
2
3
4
5
6
7
PAÚ
8
9
10
11
12
Biologie
Ekologie
Botanika
Biologie a didaktika
Učitelství pro základní školy
Systematická entomologie
Agroekologie
Parazitologie
Klinická biologie
Experimentální biologie
Parazitologie
Biochemie (Biochemistry),
Karlova univerzita v Praze
Jihočeská univerzita v Č.B., Univ.
15
ano
ano
ano
ano
ano
ano
0
0
garant
kurzu
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
1
Číslo
2
3
Název VŠ
4
Přednáš
ky
5
Cvičení
6
Vedení
prací
7
Učební
texty
přeshraniční studijní program
Johana Keplera v Linci, Rakousko
Biologie
Biofyzika
Experimentální biologie – genetika a
genové inženýrství
Fyziologie rostlin
Genetika
Rostlinné biotechnologie
Rostlinolékařství
Učitelství biologie pro střední školy
Jihočeská univerzita v Č. B. – PřF
ano
ano
0
ano
0
0
ano
ano
ano
ano
0
ano
ano
0
ano
ano
ano
ano
0
ano
ano
ano
ano
ano
0
ano
ano
0
0
0
ano
0
ano
ano
ano
ano
ano
ne
ne
ano
ne
ano
ano
ano
ne
ano
ano
ne
Ekologie zooplanktonu
Biologie vodních organismů
Ekologie Fytoplanktonu
Mkrobiální ekologie vody
Speciální limnologie
Biologie ekosystémů
Etologie ryb a základy akvaristiky
a FROV
Jihočeská univerzita v Č. B. PřF,ZF
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ne
ano
ano
ne
ne
ano
ano
ne
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ne
ne
ne
ne
ne
ne
ne
Biologie
ano
ano
ano
ÚMBR
13
14
15
16
17
18
19
20
HBÚ
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
ÚPB
32
Diverzita rybovitých obratlovců I. a II.
Terénní kurz biologie mořských
organismů
Cvičení ze zoologie obratlovců
Ekologie vodních obratlovců
16
8
Jiné
1
Číslo
33
1
Číslo
2
Zoologie
3
Název VŠ
4
Přednáš
ky
2
Doktorský program
3
Název VŠ
5
Cvičení
6
Vedení
prací
7
Učební
texty
8
Jiné
8
Jiné
ano
4
Přednáš
ky
5
Cvičení
6
Vedení
prací
7
Učební
texty
ENTÚ
Molekulární a buněčná biologie
Fyziologie a imunologie
Biologie
Botanika
Ekologie
Fytotechnika / Ochrana rostlin
Jihočeská univerzita v Č. B.
Jihočeská univerzita v Č. B. – ZF
ano
0
0
ano
0
ano
ano
0
0
ano
0
0
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
0
0
0
0
0
Parazitologie
Parazitologie
Masarykova univerzita v Brně
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
Biofyzika
Fyziologie a imunologie
Genetika
Chemie
Rostlinolékařství
Zemědělské biotechnologie
VŠCHT Praha
ano
ano
0
0
0
0
0
ano
ano
0
0
0
0
0
ano
ano
ano
ano
ano
ano
ano
0
0
0
0
ano
0
0
PAÚ
ÚMBR
HBÚ
17
0
0
0
0
0
0
0
3
Název VŠ
4
Přednáš
ky
5
Cvičení
6
Vedení
prací
Rybářství
Ekologie
Hydrobiologie
Ichtyologie
Jihočeská univerzita v Č. B. FROV
Jihočeská univerzita v Č. B. FROV
ano
ne
ne
ano
ne
ne
ne
ne
ne
ano
ano
ne
Biologie
Ekologie
ano
ano
ano
ano
1
Číslo
2
Doktorský program
7
Učební
texty
8
Jiné
ÚPB
3b)
1
Číslo
účast pracoviště na sekundárním vzdělávání (středoškolská výuka)
2
Akce
3
Pořadatel/škola
4
Činnost
ENTÚ
1
Zimní škola matematiky
2
3
4
Biologická olympiáda
Biologická olympiáda
Ochrana přírody v tropech
5
Ochrana přírody v ČR
6
7
8
Studentská vědecká konference Brno
Týden se současnou biologií
Středoškolská odborná činnost
Obor 04 - Biologie
Odborná praxe studentů 3. a 4.
9
Gymnázium
Jírovcova, Č. B.
PřF JU ČB
DDM
Biskupské gymn.
Žďár nad Sázavou
Gymnázium
Klášterec nad Ohří
BIOMANIA + MU
PřF JU Č.B.
Gymn. Česká,
České Budějovice
SŠO služeb a
18
přednáška
vedení laboratorních cvičení
Přednáška pro účastníky
přednáška
přednáška
2 přednášky
laboratorní cvičení + přednášky, organizace
1 konzultant práce: Lukáš Balogh (2010) Analýza genotypu na
základě fenotypu u andulek vlnkovaných
Praxe 2 + 2 studentů na oddělení Anal. biochemie
1
Číslo
10
11
PAÚ
12
13
14
2
Akce
ročníků
Otevřená věda II
CZ.1.07/2.3.00/09.0034
Otevřená věda
SOČ, studentka Daniela Stachová
SOČ, studentka Jarmila Laštůvková
Otevřená věda II
3
Pořadatel/škola
podnikání Č.B.
AV ČR
AV ČR
Biskupské gymn.
Č. Budějovice
Gymn., Polička
AV ČR/SŠ
zdravotnická,
Biskupské gymn.
Č. B., gymnázium
Tábor a Jihlava
4
Činnost
Stáž studentky – práce v rámci SOČ: Studium vlastností hedvábí
hmyzích škůdců: modelový druh klíněnka jírovcová
Dvě přednášky pro středoškolské učitele na soustředění v Nových
Hradech (2009)
Vedení práce (Jan Kopecký)
Vedení práce (Václav Hönig)
Vedení prací 7 studentů, lektoři (Jan Kopecký, Oleg Ditrich, Tomáš
Scholz, Martin Kváč, Martin Kváč, Alena Zíková, Daniel Růžek, Petr
Kopáček), studenti Roman Huszár, Soňa Mečířová, Eva Tomíšková,
Jan Vávra, Štepánka Tomková, Pavel Tlustý, Markéta Jirsová
ÚMBR
15
Letní akademické dny
16
Otevřená věda II
17
Povinná praxe středoškolských
studentů
Týden vědy a techniky
18
HBÚ
19
20
21
Vedení středoškolské odborné
činnosti
Vedení středoškolské odborné
činnosti
Ekosystémy stojatých vod....
AVČR a Jihočeská
univerzita
AVČR,
Gymnázium,ČB.
SŠ OSaP České
Budějovice
AVČR
Letní pobytové kurzy pro vybrané středoškolské studenty. Pracovní
pobyty v laboratořích, práce na projektech pod vedením pracovníků.
3 studenti, vedení práce
Gymnázium
Česká, Č.B.
Gymnázium
Jírovcova Č.B.
Gymnázium
Česká, Č.B.
Využití metody vizuálního sledování k odhadům druhového složení
a početnosti ryb v habitatu volné vody údolních nádrží
Téma: Obnovení společenstva zooplanktonu po povodni
Šest týdenních praxí v laboratořích celkem pro 12 studentů oboru
Chemie a analýza potravin
přednáška
Přednáška
19
1
Číslo
22
23
24
ÚPB
25
26
27
Den otevřených dveří
3
4
Pořadatel/škola
Činnost
Přírodověd.lyceum Přednáška
Veselí nad Lužnicí
Gymnázium
Přednáška
Česká, Č.B.
BC AV ČR
Ukázka činnosti, představení problematiky studované na HBÚ
Týden vědy
Otevřená věda II
Setkání řešitelů Biologické olympiády
AV ČR
AV ČR
JU ČB
4 přednášky na středních školách
vedení 5 středoškolských studentů
přednáška o půdní ekologii
2
Akce
3
Pořadatel
AVČR, BC
Spoluvytvoření 10 vzdělávacích
pořadů
Víkendy pro středoškolské učitele
Ekologické dny Olomouc
Jak v Čechách zachránit biodiverzitu?
Česká televize
4
Činnost
přednášky pro veřejnost, cyklus přednášek pro střední školy
v Jihočeském kraji
10 dílný seriál „Kapitolky o havěti“ v rámci vzdělávacích pořadů pro
mládež, odvysíláno dvakrát v roce 2010 na ČT1
Přednášky a vedení exkursí
Plenární přednáška pro veřejnost (ca 400 osob)
Účast ve veřejně dostupném diskusním panelu
3c)
1
Číslo
1
2
3
4
5
6
7
8
9
2
Akce
Ekosystémy stojatých vod...
vzdělávání veřejnosti
Kulatý stůl - klimatické změny,
obchodování s emisemi, obnovitelné
zdroje
Zoologické dny
Science Café – Moderní ochrana
přírody
Science Café - Deviace nebo evoluce
PřF JU
Nadace Sluňákov
Učená společnost
ČR
Zastoupení
Evropské komise
v ČR
ÚBO AV ČR
PřF JU
PřF UJEP Ústí
Účastník panelové diskuse
Plenární přednáška
Přednášející
Přednášející (spolu s Dr. Jozífkovou)
20
1
Číslo
10
2
Akce
aneb Hierarchie a sexuální chování
člověka
Veletrh ekologické výchovy
11
12
Science Café – Tropická ekologie
EU projekt EKOTECH
13
14
EKOTECH – multidisciplinární
výchova odborníků pro využití
biotechnologií v ekologických oborech
Ekosystémy stojatých vod..., Ekofilm
15
3d)
3
Pořadatel
nad Labem
4
Činnost
Sdružení středisek
ekologické
výchovy Pavučina
PřF JČU
Biologické
centrum AV ČR
Parazitologický
ústav BC AVČR
MŠMT
„Památkaření?“ - Přednáška pro ca 200 lektorů ekologické výchovy
MŽP
Přednáška
Přednášející
Cyklus přednášek (21 h) a cvičení (48 h) „Molekulární analýza
populací“
Cyklus přednášek pro střední školy v Jihočeském kraji (lektor Oleg
Ditrich)
Přednášky a cvičení v oborech virologie, bakteriologie, transgenoze
rostlin a fyzikálních metod- fluorescence chlorofylu, celkem 3 kurzy.
seznam titulů vydaných na pracovišti
PAÚ je vydavatelem mezinárodního vědeckého časopisu FOLIA PARASITOLOGICA (založen 1954; impakt faktor za posledních 5 let
1,459).
Pravidelně (dvouletně) jsou vydávány dvouročenky (Biennial Report) – ISBN 978-80-254-7194-4
HBÚ - Kubečka, J., Frouzová, J., Jůza, T., Kratochvíl, M., Prchalová, M., Říha, M., Metodika monitorování rybích obsádek nádrží a
jezer. Biologické centrum AV ČR, 50 s. ISBN 80-86668-07-X
ÚPB - Tajovský, K. (ed.): 7. česko – slovenský myriapodologický seminář. České Budějovice, Česká republika, 8.-9.4.2010. Sborník
abstraktů, 21 str. ISBN 978-80-86525-18-1
4. Činnost pro praxi
21
4a–1 výsledky spolupráce s podnikatelskou sférou a dalšími organizacemi získané řešením projektů
Pořadové číslo: 1 PAÚ
Dosažený výsledek: Byla navržena metoda konjugace Pd a AgAu nanočástic se streptavidinem nebo proteinem A. Povrch těchto
nanočástic byl pokryt molekulami DHLA a prostřednictvím síťovacího činidla EDC ((1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)karboiimid)) byly
nanočástice navázány na avidin, streptavidin nebo protein A. Konjugáty byly po vyčištění a kontrole následně použity pro vícenásobné
značení glykanů ve slinných žlázách izolovaných z částečně nasátých klíšťat Ixodes ricinus.
Uplatnění/Citace výstupu: Vancová, M. – Langhans, J. – Šlouf, M. – Pavlová, E. – Nebesářová, J.: Application of colloidal palladium
nanoparticles for labeling in electron microscopy (Microscopy and Microanalysis, in revision).
PV2010-381: Soubor vzájemně rozlišitelných nanočástic pro vícenásobné ultrastrukturální značení
PUV2010-23645: Soubor tří vzájemně mikroskopicky rozlišitelných nanočástic se zlatým povrchem pro současné trojnásobné
imunoznačení
PUV2010-23646: Soubor tří vzájemně mikroskopicky rozlišitelných nanočástic se zlatým povrchem pro současné trojnásobné
imunoznačení
Název projektu /programu v češtině: Nové nanopartikule pro ultrastrukturální diagnostiku
Název projektu/programu v angličtině: New nanoparticles for ultrastructural diagnostics
Poskytovatel: AV ČR, KAN 200520704
Partnerská organizace: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v.v.i., Sevapharma, a.s.,
Central European Biosystem, s.r.o.
Pořadové číslo: 2 ÚMBR
Dosažený výsledek: Celkem 90 transgenních linií smrku s různými variantami genu cry3A integrovanými trvale do jaderného genomu.
Minimálně u 2 linií byly zjištěny (VÚLHM) výrazné toxické účinky proti kůrovci.
Uplatnění/Citace výstupu: Podán patent na produkci modifikovaného delta–endotoxinu cíleného proti kůrovcovitým.
Název projektu /programu v češtině: Příprava transgenních linií smrku toxických pro kůrovcovité.
Název projektu/programu v angličtině: Development of transgenic tissue lines of spruce (Picea abies) showing high toxicity towards bark
beetle (Scolytidae) species.
Poskytovatel: MZe, QH71290
Partnerská organizace: Výzkumný ústav lesního hospodářství a myslivosti, v.v.i., Strnady
22
Dosažený výsledek: Porovnání specifity a citlivosti imunochemických a molekulárních technik (PTA-ELISA, nepřímá imunofluorescence
IIF, PCR) pro detekci fytopatogenní karanténní bakterie Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis. Metoda PCR byla dále
optimalizována a umožnila spolehlivější a citlivější detekci patogena.
Uplatnění/Citace výstupu: Kokošková, B. – Mráz, I. – Fousek, J.: Comparison of specificity and sensitivity of immunochemical and
molecular techniques for determination of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis. Folia Microbiologica. Vol. 55, No. 3 (2010), p.
239–244. [IF = 0.978]
Mráz, I. – Kokošková, B. – Beran, P. Detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis from tomato plants and seeds using
ELISA, IF and PCR with commercial and own primers. Acta Horticulturae, v tisku. [IF = 0]
Název projektu /programu v češtině: NAZV QH71229 Diagnostika a metody integrsované ochrany proti karanténním a dalším
ekonomicky významným patogenům plodové a listové zeleniny
Název projektu/programu v angličtině: Diagnostic and methods of protection against quarantine and other economically important
pathogens of fruit and leafy vegetables
Poskytovatel: Mze ČR
Partnerská organizace: VÚRV Praha Ruzyně, MZLU v Brně, Univerzita Palackého v OlomouciPartnerská organizace: Ústav molekulární
genetiky AV ČR, v.v.i., Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v.v.i., Sevapharma, a.s., Central European Biosystem, s.r.o.
Dosažený výsledek: Vyvinuto 30 EST–SSR molekulárních márkerů pro genotypizaci chmelu (Humulus lupulus L.) vhodných pro
spolehlivou charakterizaci 11 kultivarů chmelu.
Uplatnění/Citace výstupu: Patzak, J. – Matoušek, J.: Development and evaluation of expressed sequence tagderived microsatellite (ESTSSR) markers for genotyping of hop (Humulus lupulus L.). Biologia Plantarum, v tisku. [IF = 1.656]
Název projektu /programu v češtině: Vývoj molekulárně–genetických markerů pro moderní šlechtění a genové inženýrství chmele
(Humulus lupulus) založených na systému genomových a expresních knihoven.
Název projektu/programu v angličtině: Development of molecular–genetic markers for modern breeding and gene engineering of hop
(Humulus lupulus) based on the system of genomic and expression libraries.
Poskytovatel: NAZV, program výzkumu v agrárním sektoru 2007–2012
Partnerská organizace: Chmelařský institut Žatec, s.r.o.
23
Pořadové číslo: 5 HBÚ
Dosažený výsledek: : Pracovníci HBÚ a ÚPB se podíleli na přípravě populárně-naučné publikace o výzkumu acidifikovaných horských
ekosystémů Šumavy (15), založené na syntéze mnoha výzkumných projektů pro potřeby NP Šumava a ochrany přírody.
Uplatnění/Citace výstupu: Šantrůčková, H. (ed.) - Vrba, J. (ed.) - Křenová, Z. - Svoboda, M. - Benčoková, A. - Edwards, M. - Fuchs, R. Hais, M. - Hruška, J. - Kopáček, J. - Matějka, K. - Rusek, J. 2010: Co vyprávějí šumavské smrčiny. Průvodce lesními ekosystémy
Šumavy. Správa NP a CHKO Šumava, Vimperk, 153 s. ISBN 978-80-87257-04-3.
Název projektu /programu v češtině:
Název projektu/programu v angličtině:
Poskytovatel:
Partnerská organizace: Správa NP a CHKO Šumava
Pořadové číslo: 6 ÚPB
Dosažený výsledek: Mikrobiologický monitoring tří nepřístupných jeskyní NP Slovenský kras (Drienovská j., Ardovská j., Stará Brzotínská
j.) poskytl komplexní hodnocení jeskynních společenstev bakterií, archeií, vláknitých mikromycétů, řas a sinic různými technikami. Jedná
se o první komplexní mikrobiologický výzkum v jeskyních na území Slovenské republiky. Byla navržena metodika monitorování. Byla
získána data o mikrobiální biodiverzitě jeskyní, s indikací typických druhů pro monitorované biotopy. Bylo provedeno porovnání
s mikroflórou půdy nad jeskyněmi a indikovány významné faktory prostředí ovlivňující složení a biomasu jeskynních mikrobiot. Zároveň
byla indikována zdravotní a hygienická rizika pro speleology.
Uplatnění/Citace výstupu: 6
Název projektu /programu v češtině: Monitoring a manažment vybraných jaskýň - mikrobiologický monitoring. Operační cíl: 5.1
Zabezpečenie priaznivého stavu biotopov a druhov prostredníctvom vypracovania a realizácie programov starostlivosti o chránené
územia vrátane území NATURA 2000 a programov záchrany pre kriticky ohrozené druhy rastlín, živočíchov a území vrátane realizácie
monitoringu druhov a biotopov.
Název projektu/programu v angličtině: Monitoring and management of selected caves – microbiological monitoring.
Poskytovatel: EU Structural Funds; Operational Programme 'Environment'; Priority Axis 5: Protection and regeneration of natural
environment and landscape
Partnerská organizace: Štátna ochrana prírody SR, Správa slovenských jaskýň, Liptovský Mikuláš
Dosažený výsledek: Předběžné výsledky pokračujícího projektu naznačují, že mnohonožky a suchozemští stejnonožci, tj. zástupci
půdních saprofágních bezobratlých, jsou více zastoupeni co do hustot populací i úrovně epigeické aktivity v maloplošných lesních
24
fragmentech. S rostoucí plochou lesních porostů i přes vyšší rozmanitost vegetačních typů nemusí nezbytně narůstat kvantitativní
parametry jejich společenstev. Dosud indiferentní odezva ve vztahu k velikosti fragmentů se ukazuje u stonožek a částečně i u žížal, u
nichž s rostoucí velikostí fragmentů a rozrůzněností stanovišť roste druhová rozmanitost. V případě sekáčů s rostoucí velikostí
fragmentů rostou hustoty populací, počty druhů se však nezvyšují.
Uplatnění/Citace výstupu: Výsledky budou uplatněny v oblasti ekologického hospodaření v krajině a ochranářské praxi
Název projektu /programu v češtině: Limity ochrany biodiverzity ve fragmentované krajině
Název projektu/programu v angličtině: Limits of biodiversity protection in fragmented landscape
Poskytovatel: MŽP ČR
Partnerská organizace: Ekologické služby, s.r.o.
Dosažený výsledek: Na podkladě rozsáhlého souboru dat získaného v letech 2009-2010 z oblasti Beskyd, Novohradských hor, Chejlavy,
Oblasti Velkého Špičáku a ze dvou oblastí ve středních Čechách byl zhodnocen význam vybraných vlivů lesního hospodaření (změna
druhové a věkové skladby) na biodiverzitu indikačních skupin půdních organismů ve vztahu k podmínkám stanoviště.
Uplatnění/Citace výstupu: Výsledky budou uplatněny v lesnické a ochranářské praxi.
Název projektu /programu v češtině: Vliv způsobu lesnického hospodaření na biodiverzitu lesních ekosystémů v kontextu globální
klimatické změny
Název projektu/programu v angličtině: The impact of forest management on biodiversity of forest ecosystems within the context of global
climate change
Poskytovatel: MŽP ČR
Partnerská organizace: Ekologické služby, s.r.o.
Dosažený výsledek: Cílem výzkumu je posoudit, do jaké míry ovlivňuje šetrné hospodaření ve vinicích a sadech (ekologické a
integrované) diverzitu modelových organismů. Výsledky dvouletého sledování doložily, že eko-vinice a eko-sady jsou v porovnání s
konvenčními systémy osídleny podstatně početnějšími a diverzifikovanějšími společenstvy půdní fauny a mohou představovat významné
biokoridory v zemědělsky intenzívně využívané krajině.
Uplatnění/Citace výstupu: Výsledky najdou uplatnění ve vinařské a ovocnářské praxi, v návrhu opatření na ochranu diverzity v krajině a
úpravách dotační politiky MZE
Název projektu /programu v češtině: Monitoring biologické rozmanitosti ve vinicích a sadech s různými režimy hospodaření
Název projektu/programu v angličtině: Monitoring of the biodiversity in vineyards and orchards under different management regimes
25
Poskytovatel: MZE
Partnerská organizace: Biocont Laboratory, s.r.o.
4a–2)
1
Číslo
výsledky spolupráce s podnikatelskou sférou a dalšími organizacemi získané na základě hospodářských
smluv
2
Zadavatel
3
Výsledek (anotace)
4
Uplatnění
Ochrana biodiverzity, plnění závazků vůči
EU
Ochrana biodiverzity, plnění závazků vůči
EU
Klíčový strategický dokument pro tvorbu
nové Strategie ochrany biodiverzity
Vývoj nových lékových forem
výzkumná zpráva
ENTÚ
1
MŽP ČR
Monitoring druhů a populací motýlů významných z hlediska EU...
2
MŽP ČR
3
MŽP ČR
Nespecifický monitoring druhů a populací motýlů významných
z hlediska EU.
Analýza příčin ohrožení a metod ochrany denních motýlů
4
5
Teva Pharm CZ
NP Česke
Švycarsko
Studium čistoty substancí
diverzita vodního hmyzu v NP a CHKO
Bioveta, a.s.
Ivanovice na Hané
Testování vakcíny Borrelym 3 na schopnost přenosu spirochét
Vakcína proti boreliím pro veterinární
druhů Borrelia burgdorferi s.s., B. afzelii a B. garinii z definovaně účely
nakažených klíšťat na vakcinované psy
Spolupráce v identifikaci nečistot a vměstků součástek pomocí
skenovacího elektronového mikroskopu
Vývoj a ověření postupu využívajícího kryo FESEM k hodnocení
formulací Cyclosporin cps
Povrchová analýza pigmentů a speciálních textilií pomocí
FESEM JEOL 7401F
PAÚ
6
7
Bosch, s.r.o.,
České Budějovice
8
Teva Czech
Industrie, s r.o.
9
České technol.
centrum pro
anorganické
pigmenty, a.s.
26
1
Číslo
10
2
Zadavatel
GEN-TREND,
s.r.o., České
Budějovice
3
Výsledek (anotace)
Diagnostika patogenů přenášených klíšťaty; Příprava
rekombinantních antigenů virových patogenů člověka;
Poloprovozní podmínky pro expresi rekombinantních proteinů
4
Uplatnění
Příprava pro komerční činnost
Bioreba AG,
Švýcarsko
Vývoj diagnostických kitů pro ELISA – 4 rostlinné viry
Komerční kity pro diagnostiku rostlinných
virů s celosvětovým uplatněním
ÚMBR
11
HBÚ
12
13
14
15
16
EIA Servis s.r.o.
Malakologicko-ichtyologický průzkum náhonu MVE na řece
Blanici u obce Heřmaň v roce 2010.
EIA Servis s.r.o.
Posouzení vlivu stavby „Sportovního přístavu Hluboká nad
Vltavou“ na druhovou skladbu a ochranné podmínky velkých
mlžů a rybovitých obratlovců
Ředitelství vodních Posouzení vlivu prohrábek ve zdržích jezu Hněvkovice a VD
cest ČR
Kořensko na druhovou skladbu a ochranné podmínky populací
velkých mlžů
Povodí Vltavy s.p. Vyhodnoceny komplexní odhady rybí obsádky vodárenské
nádrže Želivka 2009 a proveden nový odhad na nádržích
Želivka, Pilská, Láz, Obecnice a Nýrsko.
Povodí Vltavy, s. p. Bilance zdrojů fosforu a dusíku v povodí nádrže Orlík
17
Pöyry Environment,
a.s., Brno
18
IMOS Brno, a. s.
Prognóza kvality vody, teplotního režimu a ekologického
potenciálu navrhované nádrže Nové Heřminovy na řece Opavě
Návrh a koordinace opatření pro zlepšení jakosti vody v
eutrofizované Brněnské nádrži.
27
Příprava souborné publikace o ekologii
mlžů v nádržích ČR
Pořízení základních znalostí o uvedených
nádržích, zlepšení řízení rybích obsádek.
Studie pro strategické plánování opatření
v povodí (výstavba a intenzifikace čistíren
odpadních vod, povolování aplikace krmiv
a hnojiv při rybářském obhospodařování
rybníků aj.) a studii proveditelnosti
projektu revitalizace nádrže Orlík
Studie budou sloužit pro projektové práce
při přípravě výstavby nádrže
Výsledky byly uplatněny v r. 2010 a
budou využívány v dalších letech při
1
Číslo
2
Zadavatel
3
Výsledek (anotace)
4
Uplatnění
managementu jakosti vody v nádrži
ÚPB
19
ENKI o.p.s.
20
Správa jeskyní ČR
21
Správa NP České
Švýcarsko
Byl sledován rozvoj půdní potravní sítě a distribuce biogenních
prvků mezi hlavní složky potravní sítě v závislosti na hlavních
kompartmentech ekosystému. Výsledky ukazují výraznější
hromadění živin v makrofauně listnatých ploch dobře
zásobených dusíkem.
Monitoring mikroskopických hub v ovzduší a jeskynním
sedimentu ve všech zpřístupněných jeskyních ČR, před
zahájením turistické sezóny a v jejím průběhu. Dosud bylo
determinováno 121 taxonů z cca izolovaných 2000 kmenů.
Tříletý monitoring diverzity půdní fauny v inverzních roklích NP
České Švýcarsko. Výsledky představují soubor unikátních dat o
výskytu půdní fauny v příčných transektech přes inverzní rokle.
1
Číslo
4b)
Výsledky budou využity jako ukazatel
vlivu turistických prohlídek jeskyní na
změny stabilního jeskynního prostředí.
Návrh opatření na ochranu biodiverzity v
půdách inverzních roklí.
21
Celkový počet získaných výsledků
4a–3)
Výsledky napomohou ke zkvalitnění
rekultivačních opatření používaných pro
urychlení obnovy ekosystémů po těžbě
uhlí.
nové firmy, které vznikly na základě výsledků činnosti pracoviště v oblasti aplikovaného výzkumu
2
Název firmy
3
Důvod založení
4
Kategorie firmy
významné patenty, užitné vzory, vynálezy, licenční smlouvy, ochranné známky
28
5
Činnost firmy
Pořadové číslo: 1
Název česky: Přírodní lepivá látka
Název anglicky: Natural biodegradable adhesive from the silk
Kategorie: český patent, zahraniční PCT;
Zapsán pod číslem: 302255; PCT/CZ2010/000024
Popis česky: Extrakty sericinů se užívají běžně v kosmetice a v poslední době i v biomedicíně, jsou to však špatně definované směsi.
Předmětem vynálezu je popis struktury a vlastností sericinu 2 bource morušového a z něho odvozených proteinů.
Popis anglicky: Sericin extracts are widely used in cosmetics and lately also in biomedicine in form of poorly defined mixtures. The
invention presents description of the structure and properties of sericin 2 of the domestic silkworm and of proteins derived therefrom.
Využití: zatím žádné
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Žurovec Michal, 387775267, [email protected]
Název česky: Feritin 2 pro imunizaci organismu proti klíšťatům
Název anglicky: Ferritin 2 for host immunization against ticks
Kategorie: český patent, zahraniční PCT
Zapsán pod číslem: 301541; PCT/CZ2009/000085
Popis česky: Klíštěcí protein transportující železo může sloužit jako vakcína založená na tzv. skrytých antigenech parazita
Popis anglicky: Tick iron-transporting protein can serve as a vaccine based on concealed antigens of the parasite
Využití: Vakcína proti klíšťatům
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Petr Kopáček, 387772207, [email protected]
Název česky: Rekombinantní rostlinná nukleáza jako protinádorové terapeutikum s nízkými nežádoucími účinky.
Název anglicky: Recombinant plant nuclease as antitumor therapeutics with low side effects.
Kategorie: Patent
Zapsán pod číslem: 302164
Popis česky: Rekombinantní rostlinná nukleáza pro použití jako protinádorové terapeutikum s nízkými nežádoucími účinky na léčený
organismus. Při její aplikaci nedochází ke snižování aktivace imunitních buněk v systému MLC, ke snižování hmotnosti a je sníženo
vyvolání aspermatogeneze. Nukleáza je připravována v infiltrovaných listech rostlin druhu Nicotiana benthamiana transformovanych
bakterií Agrobacterium tumefaciens, do kterých byl vnesen úsek DNA kódující tuto nukleázu.
29
Popis anglicky: Recombinant plant nuclease for utilization as antitumor therapeutics with low side effects. An application of nuclease
does not lead to the decrease of activation of lymphocytes as detected in MLC system, the nuclease does not cause the body mass
losses and aspermatogenesis. The nuclease is prepared in infiltrated leaves of Nicotiana benthamiana transformed by Agrobacterium
tumefaciens bearing DNA encoding this nuclease.
Využití: v lékařství zejména v onkologii
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e–mail): Jaroslav Matoušek, 387775937, [email protected]
Název česky: Modifikovaný Cry3A protein pro potírání kůrovců a potemníků a způsob jeho produkce
Název anglicky: Modified Cry3A protein for persecution of bark beetles and meal–beetles and method for its production
Kategorie: Přihláška vynálezu národní
Zapsán pod číslem: PV 2010–912
Popis česky: Přihláška se týká rekombinantního proteinu připraveného ze syntetického genu, rekonstruovaného pro vyšší toxicitu
úpravami kritické smyčky 1 proteinové domény II. Součástí vynálezu je způsob konstrukce genů a expresních vektorů a metody pro jeho
produkci a použití jako účinného insekticidu proti kůrovci smrkovému (Ips typographus) a potemníku hnědému (Tribolium castaneum).
Popis anglicky: Application refers to recombinant protein made from synthetic gene rebuild for higher toxicity by changes of critical
protein domain II loop 1. Component of the invention is method of construction of genes and expression vectors as well as methods for
production and use of the protein as a powerful insecticide against bark beetle (Ips typographus) and red–flour beetle (Tribolium
castaneum).
Využití: insekticidní prostředek
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e–mail): Josef Vlasák, 387 775 514, [email protected]
Název česky: Způsob výzkumu dynamiky objemových změn fyziologicky, zejména fotosynteticky aktivních vzorků, a zařízení k
provádění tohoto způsobu
Název anglicky: Method of investigation of volume change dynamics of physiologically, particularly photosynthetically active
samples, and the device for the method application
Kategorie: Patent
Zapsán pod číslem: 301826
30
Popis česky: Vyvinutá nová metoda a zařízení umožňují kvalitativně i kvantitativně studovat dynamiku objemových změn fyziologicky
(zejména fotosynteticky) aktivních vzorků (baktérií, řas, suspenzí chloroplastů , rostlin) ve stavu in vivo na principu interference dvou
svazků koherentního záření vyzařovaného He–Ne laserem.
Popis anglicky: The new method and device enable to study qualitatively and quantitatively the dynamics of volume changes within
physiologically (particularly photosynthetically) active samples in vivo (e.g., bacteria, algae, chloroplast suspensions, plants) on the
principle of interference of two beams of coherent radiation emitted by a He–Ne laser.
Využití: Nové zařízení bylo primárně vyvinuto pro základní a aplikovaný výzkum v oblasti fotosyntézy, fyziologie rostlin a živočichů. Je
využitelné rovněž těmi technickými pracovišti či firmami, které se zabývají měřením velmi malých objemových změn, respektive vibrací u
mechanických součástek, parovodních potrubí, základových desek a podobně.
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e–mail): Karel Roháček, 387775518, [email protected]
Název česky: Plavidlo pro odlov vzorků ryb na volné vodě košelkovým nevodem
Název anglicky: Research vessel for fish sampling by the purse seine
Kategorie: plavební prostředky, rybolovné techniky
Zapsán pod číslem: : 302 159
Popis česky: Plavidlo pro odlov vzorků na volné vodě tvořené dvěma trupy opatřené pohonnou jednotkou, ráhnem pro vytahování sítě a
navijákem, má druhý trup výrazně menší než hlavní trup a prostor mezi nimi je vyplněn podlážkou pro odkládání. Poháněcí jednotka je
připevněna k hlavnímu trupu excentricky upínákem na straně bližší druhému trupu.
Popis anglicky: Research vessel consisting of two hulls, engine and yard with winch system for lifting the net. The second hull of the
catamaran system is much smaller a Jan Kubečka, 604344267, [email protected]
nd the space in between of the hulls is composed by the deck. Combustion engine is sutuated asymetrically on the main hull at the side
closer to the second hull.
Využití: vzorkování ryb, regulační odlovy
Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Jan Kubečka, 604344267, [email protected]
4c)
výsledky spolupráce se státní a veřejnou správou
Pořadové číslo:
Dosažený výsledek:
Oblast uplatnění výsledku:
31
Uživatel/Zadavatel:
4d)
1
Číslo
ENTÚ
odborné expertizy zpracované v písemné formě pro státní orgány, instituce a podnikatelské subjekty
2
Název
1
2
Znalecký posudek
Posudek (lesák Airaphilus)
3
HBÚ
4
Posudek (hmyz v zásilce)
3
Příjemce/Zadavatel
Krajský soud v Č. Budějovicích
Správa Chráněné krajinné oblasti
Blaník
Nutricia DEVA a.s.
Vyhodnocení žíru larev tesaříků
doporučení pro hospodaření na
biotopu
vyhodnocení výskytu hmyzu
EIA Servis s.r.o.
Zjištění výskytu velkých mlžů a
rybovitých obratlovců.
Vyčíslení škod na chráněných
živočiších v důsledku
vodohospodářských manipulací
10
Malakologicko-ichtyologický průzkum náhonu
MVE na řece Blanici u obce Heřmaň v r. 2010.
Posouzení vlivu stavby „Sportovního přístavu
Hluboká nad Vltavou“ na druhovou skladbu a
ochranné podmínky velkých mlžů a rybovitých
obratlovců
Posouzení vlivu prohrábek ve zdržích jezu
Hněvkovice a VD Kořensko na druhovou
skladbu a ochranné podmínky populací velkých
mlžů
Komplexní průzkum rybí obsádky nádrže
Chabařovice v roce 2009
Průzkum rybí obsádky jezera Ležáky-Most v
květnu 2010
Ichtyologický průzkum jezera Medard-Libík a
návrh jeho zarybnění
Zpráva o sledování rybí obsádky nádrže Římov
Povodí Vltavy s.p.
11
Komplexní průzkum rybí obsádky nádrž Želivka
Povodí Vltavy s.p.
5
6
7
8
9
4
Popis výsledku
EIA Servis s.r.o.
Ředitelství vodních cest ČR
Vyčíslení škod na chráněných
živočiších v důsledku
vodohospodářských manipulací
Palivový kombinát, Ústí nad Labem
s.p.
Palivový kombinát, Ústí nad Labem
s.p.
Sokolovská uhelná, a.s.
Odhad kvantitativního a kvalitativního
složení rybí obsádky
složení rybí obsádky
Shrnutí možných řešení zarybnění
zatápěné důlní jámy.
složení rybí obsádky.
32
1
Číslo
2
Název
3
Příjemce/Zadavatel
4
Popis výsledku
složení rybí obsádky.
ÚPB
12
Studium důlních vod ve štole dolu Arnošt,
Rybářská ulice, Český Krumlov.
MŽP ČR
12
Celkový počet zpracovaných expertiz
4e)
Data o geochemii, mineralogii,
mikrobiologii a hydrologii vývěru důlních
vod ze štoly dolu Arnošt v Č. Krumlově.
zapojení do monitorovacích sítí
Objekt sledování česky: invazní slunéčko Harmonia axyridis
Objekt sledování anglicky: invasion ladybird Harmonia axyridis
Název sítě česky: Biolib
Název sítě anglicky: Biolib
Provozovatel: Biolib.cz
Důvody zapojení do monitoringu: výzkum
Program:
33
5. Mezinárodní vědecká spolupráce pracoviště
5a)
1
Číslo
přehled mezinárodních projektů, které pracoviště řeší v rámci mezinárodních vědeckých programů
2
Název
zastřešující
organizace
(zkratka)
3
Název
programu
česky/anglicky
4
5
Název projektu
česky/anglicky
Koordinátor/řešitel
česky/anglicky
6
Spoluřešitel
/počet
7
8
Stát(y)
Aktivita
ENTÚ
1
Národní
vzdělávací
fond
FM EHP A
NORSKA
2
Národní
vzdělávací
fond
FM EHP A
NORSKA
3
MŠMT
ME08085
KONTAKT
Kvantitativní profilování
metabolitů participujících v
metabolismu jednouhlíkových
skupin pro klinické a
experimentální studie
zaměřené na specifické
zdravotní problémy dětí /
Quantitative profiling of
metabolites involved in onecarbon metabolism for large
scale clinical and experimental
studies from birth to
adolescence
Monitorování prostředí ÚN: co
nám mohou říci data a modely
rybolovu? / Monitoring the
environment of man-made
lakes: what can fisheries data
and models tell us?
Entomopatogenní hlístice
(Steinernematidae a
34
BC / P. Šimek
University of ČR, Norsko
Bergen,
Nemocnice
Č.
Budějovice/2
Aplikovaný
výzkum
BC / D. Boukal
Institute of
Marine
Research,
Nordnes,
Bergen,
Norway/1
Základní výzkum
Z. Mráček
ČR, Norsko
1
Číslo
2
Název
zastřešující
organizace
(zkratka)
3
Název
programu
česky/anglicky
4
MŠMT
ME09082
KONTAKT
5
MŠMT
ME10078
KONTAKT
PAÚ
6
King
Abdullah
University
of Science
&Technol.
7
EMBO
8
4
5
Název projektu
česky/anglicky
česky/anglicky
Spoluřešitel
/počet
7
8
Stát(y)
Aktivita
Heterorhabditidae), česká a
čínská fauna a jejich možnosti
v biologické ochraně rostlin
před hmyzími škůdci
Inventarizace rostlin a členovců Novotný V.
v nížinném deštném lese na
Nové Guineji
Entomopatogenní a
Z. Mráček
moluskopatogenní hlístice
(Nematoda), studium fauny,
determinace a aplikace
nematodů pro ochranu
produkce žampionů před
hmyzími škůdci
Global
Genomic, transcriptomic and
A. Pain
Collaborative proteomic view of a photoResearch
synthetic algae, (Chromera), an
evolutionary ‘missing link’ to
the human malaria parasites
EMBO
EMBO Installation grant
Univerzita Planetary
Connecticut Biodiversity
Inventory
6
A Survey of the Tapeworms
(Cestoda: Platyhelminthes)
from the Vertebrate Bowels of
the Earth
35
J.Lukeš
A. Zíková
T. Scholz
4
King Abdullah
University of
Science
&Technol.
1
Číslo
9
2
Název
zastřešující
organizace
(zkratka)
3
Název
programu
česky/anglicky
4
5
Název projektu
česky/anglicky
česky/anglicky
U.S. Civilian NIADCEE
Research
and
development
foundation,
USA
U.S. Civilian NIADCEE
Research
and
development
foundation,
USA
Population structure of the
Lyme borreliosis spirochete
Borrelia burgdorferi sensu
stricto in the southeastern
United States and in Europe
MŠMT
ME10011
KONTAKT
Proteázy trypsinového typu z
J. Dvořák
lidského parazita, krevní
motolice Schistosoma mansoni
12
ESF
COST 864
OC09021
13
ESF
COST 863
OC09022
Studium fytoplazem způsobujících onemocnění proliferace
jabloní a odumírání hrušní v
ČR. / Study of apple
proliferation and pear decline
phytoplasmas in the Czech
Republic
Průzkum výskytu virů a
fytoplazem infikujících rod
Vaccinium v České republice /
Study of viruses and
10
11
6
Spoluřešitel
/počet
7
8
Stát(y)
Aktivita
M.
Golovčenko
Distribution and diversity of
Borellia bissettii in the
southeastern United States and
in Europe
N. Rudenko
ÚMBR
36
BC / J. Fránová
24
České republika
Vyvinout metody
určení subtypů
fytoplazem a
zmapování
výskytu AP a PD
v ČR.
B. Mezzetti,
Univ. Ancona,
Italy/ J. Špak
30
28 evropských a 3 První průzkum
mimoevropské
virů rodu
Vaccinium
(borůvka/kanads
1
Číslo
2
Název
zastřešující
organizace
(zkratka)
3
Název
programu
česky/anglicky
4
5
Název projektu
česky/anglicky
česky/anglicky
6
Spoluřešitel
/počet
7
8
Stát(y)
Aktivita
phytoplasma infecting
blueberry in the Czech republic
14
ESF
15
ESF
16
MŠMT
17
MŠMT
HBÚ
18 EEA-NFM
COST TD
0801
Statistické problémy analýz
genomických sekvencí rostlin /
Statistical challenges on the
1000€ genome sequences in
plants
COST FA
Integrated Management of
0807
Phytoplasma Epidemics in
Different Crop Systems
Struktura světlosběrného
MEB 040918 komplexu a komplexu
KONTAKT
reakčního centra z purpurové
MOBILITY
sirné bakterie Thiocapsa
Roseopersicina
MEB 040917 Anizotropie molekulární
KONTAKT
struktury a stabilita přírodních a
MOBILITY
umělých chlorosomů
Norský
finanční
mechanismu
s/ Norwegian
Financial
Mechanism
Monitorování rybích obsádek
českých údolních nádrží./
Monitoring of the fish stock of
Czech Reservoirs
37
ká borůvka
v ČR)
M. Bink
(Biometris, NL)
UMBR BC
AVCR (J.
Macas) /12
A. Bertaccini,
J. Fránová
Univ. of Bologna,
Italy
F. Vácha
9
základní výzkum
27 EU countries
F. Vácha
BC AV ČR,
Biology Centre
AS CR, J.
Kubečka
ČR, Norsko
vysoká
1
Číslo
2
Název
zastřešující
organizace
(zkratka)
19
EEA-NFM
20
MŠMT
21
MŠMT
22
GA ČR
3
Název
programu
česky/anglicky
Norský
finanční
mechanismu
s/ Norwegian
Financial
Mechanism
EEA NFM
CZ0051
KONTAKT
MEB 060901
4
5
Název projektu
česky/anglicky
česky/anglicky
Odhad vlivu Gothenburgského Česká
protokolu na acidifikované a
geologická
eutrofizované půdy a vody /
služba
The assesment of impact of the
Gothenburg
Protocol on acidified and
eutrophied soils and waters
Biogeografie a taxonomická
diferenciace uvnitř rodů
Limnicola planktonicus a
Polynucleobacter necessarius /
Biogeography and within-taxon
ecological differentiation of
Limnicola planktonicus and
Polynucleobacter necessarius
(Betaproteobacteria)
COST
Hodnocení dopadů odnosu
OC08040
živin z povodí s komplexním
využitím krajiny na vodní
ekosystém nádrží
EUROCORE Funkční role a ekologická
S
diferenciace uvnitř
EEF/10/E011 ultramikrobakterií ze skupiny
Actinobacteria / Functional and
ecological differentiation within
the ultramicrobacteria lineage
38
Jan Jezbera
(CZ)/ Dr. Martin
W Hahn (A)
6
Spoluřešitel
/počet
7
8
Stát(y)
Aktivita
J.Kopáček
Jezberová,
Rakousko, ČR
Kasalický, K.
Šimek
Vysoká
Dr. Martin W ČR, Rakousko,
Hahn (A), Dr. Švýcarsko,
Jakob
Německo,
Pernthaler
(CH), Dr.
Hans-Peter
Vysoká
J. Hejzlar
Jan Jezbera
(CZ)
1
Číslo
2
Název
zastřešující
organizace
(zkratka)
3
Název
programu
česky/anglicky
4
5
Název projektu
česky/anglicky
česky/anglicky
of Actinobacteria
ÚPB
23 MŠMT
Kontakt
24
MŠMT
KONTAKT
ME08019
Vědecká
spolupráce
ČeskoFrancie/
Scientific
cooperation
between the
CR and
France
Vědecká
spolupráce
Česko-USA/
Scientific
cooperation
between the
CR and USA
6
Spoluřešitel
/počet
7
8
Stát(y)
Aktivita
Grossart (D)
Bakteriální společenstva
přispívající k potlačení chorob
polních plodin /Bacterial
communities contributing to the
suppression of crop pathogens
Výzkumný ústav
rostlinné výroby,
v.v.i., Praha
/Crop Research
Institute, Prague
UMR CNRS ČR, Francie
5557
Ecologie
microbienne,
Villeurbanne
Screening půd
supresivních
k vybraných
rostlinným
patogenům
Půdní biota v oblastech po
těžbě surovin v Evropě a USA /
Soil biota in post mining areas
in Europe and USA
Frouz, J. Biologické
centrum AVČR,
ÚPB/ Biology
Centre ASCR,
ISB
University of
Tenneesse,
Southern
Illinois
University,
University of
Wyoming
Výzkum půdních
organismů
v těžebních
oblastech
39
USA, ČR
5b)
1
Číslo
akce s mezinárodní účastí, které pracoviště organizovalo nebo v nich vystupovalo jako spolupořadatel
2
Název akce
v češtině
3
Název akce
v angličtině
4
Hlavní pořadatel akce
česky/anglicky
5
Počet
účastníků
celkem/z toho
z ciziny
6
Významná
prezentace
ENTÚ
1
Ecdysone workshop
2
Mezinárodní konference o
vývoji a reprodukci
bezobratlých ve věku
genetických modifikací
DINFISH 2010
3
PAÚ
4
5
25. světový kongres SVU
Příspěvek Čechů a Slováků
vědě a technologiím
RNA club
18. Mezinárodní ekdysonový
workshop 2010
18th International Ecdysone
workshop
International Conference on
Invertebrate Reproduction and
Development in the Age of
Genetic Modifications
DINFISH: Dynamics of Inland
Fish and Fisheries
Contribution of Czechs and
Slovaks to Science and
Technology
RNA club
18th International Ecdysone
Workshop
Biologické
centrum/Biology Centre
Biologické
54/52
Biologické
K.l Raška Jr. (Prezident
SVU; New Jersey, USA)
45/40
121/95
150/100
H. Hashimi
M. Jindra, M. Jindrová
85/5
102/97
ČSEBR,
Katedra experimentální
biologie rostlin PřF UKKatedra botaniky a
fyziologie rostlin FAPPZ
ČZU v Praze
ÚEB AV ČR, v.v.i.
VÚRV v Praze - Ruzyni,
268/55
L. Grubhoffer –
koordinace 2 sekcí
ÚMBR
6
12. Konference experimentální
biologie rostlin
-
40
J. Špak, A. Holý, D.
Pavingerová, I.
Votruba, V.
Špaková, K. Petrzik:
Testování nových
antivirotik pro
bezvirové plodiny.
1
Číslo
7
2
Název akce
v češtině
Aplikace nové generace
sekvenačních technologií na
analýzu repetitivní DNA rostlin
(workshop)
HBÚ
8
Vzorkování ryb aktivními
metodami
9
ÚPB
10
11
5c)
1
Číslo
3
Název akce
v angličtině
4
Hlavní pořadatel akce
česky/anglicky
Workshop on the application of
next–generation sequencing to
repetitive DNA analysis in
plants
Fish Sampling with Active
Methods
ZS při ČZU v Praze
Laboratoř molekulární
cytogenetiky UMBR /
Laboratory of Molecular
Cytogenetics, IPMB BC
BC AV ČR
Dynamika sladkovodních ryb a
rybáství. Syntéza cílů, modelů
a analýz pro udržitelné řízení.
Dynamics of Inland Fish and
BC AV ČR
Fisheries: Toward a Synthesis
of Objectives, Models and Data
Analyses for Sustainable
Management
Workshop MICROMYCO 2010
Workshop MICROMYCO 2010
7. česko – slovenský
myriapodologický seminář
7th Czech and Slovak
Myriapodological Seminar
5
Počet
účastníků
celkem/z toho
z ciziny
6
Významná
prezentace
16 / 12
110/80
Pokrok v použití
tralových sítí
v jezerech a nádržích
55/40
UPB BC AV ČR/ ISB BC 46/9
AS CR
ÚPB BC AV ČR / ISB BC 14/8
AS CR
výčet jmen nejvýznamnějších zahraničních vědců, kteří navštívili pracoviště AV ČR
2
Jméno vědce
3
Význačnost vědce a jeho obor
ENTÚ
41
4
Mateřská instituce
5
Stát
1
Číslo
1
2
Jméno vědce
Lennart Persson
3
přední světový odborník na ekologii ryb a
vztahy v potravních sítích
přední světový odborník na problematiku
rekreačního rybolovu
4
Umeå University
5
Stát
Švédsko
Leibniz-Institute of Freshwater
Ecology and Inland Fisheries,
Berlín
University of Bergen
Německo
Institute of Marine Research,
Bergen
Washington State University
Norsko
USA
2
Robert Arlinghaus
3
Jeppe Kolding
4
Mikko Heino
5
Bev Gerdelen
světový odborník na problematiku rybolovu
v rozvojových zemích, konzultant FAO
přední světový odborník na problematiku
evoluce způsobené rybolovem
Invasive insects, entomology
6
Mutsuhiro Yoshida
hematologie, vědecký pracovník
Saga University
Japonsko
7
Liu Qizhi
hematologie, profesorka
China Agricultural University
Čína
8
Peter Vilmos
Biology Centre, Szeged
Maďarsko
9
M. R. Goldsmith
University of Rhode Island
USA
10
Johan Ulrich Theopold
Významné publikace, molekulární a
vývojová biologie
editorka dvou zásádních knih o molekulární
genetice motýlů.
Význačná osobnost v oboru hmyzí imunity
Stockholm University
Švédsko
11
Arnold H. Staniczek
predni paleontolog hmyzu a kurator sbírek
Německo
Francisco J. Ayala
Naturhistorisches Muzeum
Stuttgart
University of California
University of Cambridge
Anglie
Ohio State University
Ohio State University
Philipps Universitat, Marburg
University of Exeter
USA
USA
Německo
Amglie
PAÚ
12
Janneke Balk
poradce amerických prezidentů; ex- pres.
American Academy for Adv. of Science
molekulární biologie parazitů
13
14
15
16
Juan D. Alfonzo
Mary Anne T. Rubio
Antonio Pierik
Mark van der Giezen
42
Norsko
USA
1
Číslo
17
18
2
Jméno vědce
Aswini Panigrahi
Frederic Allain
3
4
Seattle Biomed, Seattle
Institute of Molecular Biology and
Biophysics, Zurich
MRC Lab. Mol. Biol., Cambridge
Berry College, Mount Berry
State University of New York, Alb.
University of California
19
20
21
22
Jernej Ule
D. Bruce Conn
John S. Mackiewicz
Robert S. Lane
23
Miloš V. Novotný
24
Erik De Clercq
25
Vladimír Beneš
26
James McKerrow
ultrastruktura a vývoj helmintů
systematika a fylogeneze helmintů
parazitologie, ekologie a biologie klíšťat a
klíšťaty přenášených nákaz
glykobiochemie, hmotnostni spektrometrie
glykoproteidů, glykanů a savčích feromonů
virologie, virostatika, mechanismy působení
virostatik
laboratorní biotechnologie, analytické
metody molekulární biologie a biochemie
biochemie a evoluce parazitů
27
John Andersen
strukturní biochemie
28
Elliot Watanabe Kitajima
29
Juan B. Arellano
30
Gyozo Garab
31
Csaba Bagyinka
32
Lukas Schreiber
studium interakce virů čeledi Rhabdoviridae Escola Superior de Agricultura
a roztočů (Brevipalpus)
Universidade de São Paulo, Brazil
přední badatel v oboru fotosyntézy
Inst. Natural Resources and
Agrobiology, CSIC
přední badatel v oboru fotosyntézy
Biological Research Center,
Hungarian Academy of Sciences
přední badatel v oboru studia hydrogenáz
Biological Research Center,
Hungarian Academy of Sciences
Odborník z oboru metabolismu lipidů v
Universita v Bonnu
rostlinách
5
Stát
USA
Švýcarsko
Anglie
USA
USA
USA
Indiana University
USA
Rega Institute for Medical Res.,
Catholic University, Leuven
Genomics Core Facility, EMBL,
Heidelberg
Sandler‘s Center for Basic Res.
Par. Dis. , UCSF San Francisco
National Institute of Allergy and
Infectious Diseases, NIH, Rockville
Belgie
Německo
USA
USA
ÚMBR
43
Brazílie
Španělsko
Maďarsko
Maďarsko
Německo
1
Číslo
33
34
Denis De Keukeleire
35
36
37
38
39
40
41
Andrew Leitch
Susanne Renner
Andreas Houben
Godoe Olav Rune
Helge Balk
Scott Bonar
Lars Rudstam
Martin W Hahn
Judith Blom
3
Významný německý biofyzik zabývající se
zejména viroidními patogeny a
problematikou BSE
Významný belgický biochemik - struktura
sekundárních metabolitů a ozdravných
látek chmelu
genetika a cytogenetika rostlin
genetika a taxonomie rostlin
cytogenetika rostlin
Monitorování mořských systémů
Zpracování sonarových signálů
Standardizace rybolovných metod
Ekologie ryb v jezerech
Kultivace a fylogenetika bakterií
Vodní chemická ekologie
42
Thomas Posch
protistologie
43
44
ÚPB
45
46
Ingeborg Bussmann
Arne Thielsch
Mikrobiologie, metanotrofní bakterie
Genetická diferenciace perlooček Daphnia
Robert Bradley
Valme Jurado Lobo
půdní ekologie
mikrobiologie a biospeleologie
47
48
Jeffrey R. Johansen
Louise Lewis
HBÚ
2
Jméno vědce
Detlev Riesner
4
Institut für Physikalische Biologie,
Heinrich–Heine–Universität
Düsseldorf
Faculty of Pharmaceutical
Sciences, Ghent University,
Belgium
Queen Mary, University of London
University of Munich
IPK Gatersleben
Inst. Of Marine Research , Bergen
Dept. of Physics, University Oslo
US Geological Survey
Cornell University, New York
Institute for Limnology, OEAW
Limnological Station, Institute of
Plant Biology
Limnological Station, Institute of
Plant Biology
The Alfred Wegener Institute
Univerzita Koblenz - Landau
Sherbrooke University
Instituto de Recursos Naturales y
Agrobiologia de Sevilla, CSIC
taxonomie a ekologie sinic a řas
John Carroll University, Cleveland
taxonomie, fyziologie, evoluce a fylogeneze University of Connecticut
zelených řas
44
5
Stát
Německo
Belgie
UK
Německo
Německo
Norsko
Norsko
USA
USA
Rakousko
Švýcarsko
Švýcarsko
Německo
Německo
Canada
Španělsko
USA
USA
5d)
1
Číslo
aktuální meziústavní dvoustranné dohody
2
Spolupracující instituce
3
Stát
4
Oblast (téma) spolupráce
ENTÚ
1
Universidad de Buenos Aires
Argentina
2
Moldova
5
6
Centre of Molecular Biology, Academy of
Sciences
Institute of Carcinogenesis, N.N. Blochin
Cancer Research Center
State Museum of Natural History, National
Academy of Sciences
Zoologický ústav, Bulharská akademie věd
Zoologický ústav, Sankt Petersburg
7
Centre for Ecological Research, PAN
Polsko
8
9
Kochi University, Kochi
National Taiwan University
Japonsko
Taiwan
10
Fujian Agriculture and Forestry University
Čína
Parazitologický ústav SAV, Košice
Institute of Ecology and Biological
Resources,Hanoj
Universidad Nacional de la Amazonia Peruana,
Iquitos
Institute of Biology and Soil Science,
Vladivostok
Slovensko
Vietnam
Systematika, ekologie a fylogeneze helmintů ryb
Systematika a evoluce helmintů plazů a ryb
Peru
Diverzita a evoluční vztahy helmintů ryb
Rusko
Diverzita a evoluce parazitů ryb Přímořského kraje
3
4
Rusko
Ukrajina
Bulharsko
Rusko
Comparative analysis of molecular differentiation of sex
chromosomes in Heteroptera and Lepidoptera, the insects with
holokinetic chromosomes
Biodiversity conservation in Bohemian forest and scientific
reserve „Codri“
Studium autonomní a neautonomní buněčné proliferace
v imaginálních terčcích drozofily
Biodiversita recentních a fosilních jepic období Eocén-Miocén
Ekologický výzkum hmyzu
Ekologie a biosystematika parazitoidů, jejich role v reliktních
ekosystémech a zhodnocení významu v ochraně přírody
Diapauza hmyzu: Fotoperiodická regulace sezónních adaptací na
stresující podmínky
Spolupráce ve výzkumu a výměna studentů
Regulatory mechanisms of reproduction in medical important
pests
Molecular mechanism and detection of pathogenic agents in
natural population of mosquitoes
PAÚ
11
12
13
14
45
1
Číslo
15
2
Spolupracující instituce
3
Stát
4
Oblast (téma) spolupráce
Institute of Biology of the Southern Seas,
Odessa
Ukrajina
Fylogenetické vztahy helmintů ryb a dalších obratlovců
Universita Sevilla
Balaton Limnol Res Inst, Tihany
International Institute of the Polish Acad.Sci,
Španělsko
Maďarsko
Polsko
Průzkumy ryb přehradních nádrží, hydroakustika
Universita Sevilla
Balaton Limnol Res Inst, Tihany
Speleologický ústav Rumunské akademie věd
v Cluji
Ústav systematiky a ekologie živočichů Ruské
Akademie věd v Novosibirsku
Přírodovědecká fakulta Univerzity P.J. Šafárika
v Košicích
Národní přírodovědné muzeum Ukrajinské
Akademie věd ve Lvově
Státní lesy TANAPu v Tatranské Lomnici
Rumunsko
výzkum jeskynních organismů
Rusko
hnízda lesních mravenců a jejich vliv na lesní ekosystémy
Slovensko
ekologie a taxonomie půdních organismů
Ukrajina
obnova ekologických funkcí půd narušených lidskou činností se
zvláštním zřetelem na biodiverzitu půdních organismů
monitoring společenstev půdních organismů v kalamitních
smrčinách
HBÚ
16
17
18
ÚPB
19
20
21
22
23
Slovensko
6. Seznam citací k oddílu 2b), 2c), ev. 4a)
ENTÚ
1. Sekyrová, P. – Bohmann, D. – Jindra, M. – Uhlirova, M.: Interaction between Drosophila bZIP proteins Atf3 and Jun prevents
replacement of epithelial cells during metamorphosis. Development 137: (2010), s. 141-150, [IF=7,194]
2. Kobelková, A. – Bajgar, A. – Doležel, D.: Functional molecular analysis of a circadian clock gene timeless promoter from the
drosophilid fly Chymomyza costata. Journal of Biological Rhythms 25, (2010), s. 399-409. [IF=4,418]
3. Tropek, R. – Kadlec, T. – Karesova, P. – Spitzer, L. – Kocarek P. – Malenovsky, I. – Banar, P. – Tuf I.H., Hejda M., Konvička M.:
Spontaneous succession in limestone quarries as an effective restoration tool for endangered arthropods and plants. Journal of
Applied Ecology 47, (2010): s. 139-147. [IF=1,436]
46
PAÚ
4. Gray, M.W. – Lukeš, J. – Archibald, J.M. – Keeling, P.J. – Doolittle, W.F. Irremediable complexity? Science 330, s. 920-921
(2010), [IF=29,750]
5. Janouškovec, J. – Horák, A. – Oborník, M. – Lukeš, J. – Keeling, P.J. A common red algal origin of the apicomplexan,
dinoflagellate, and heterokont plastids. Proceedings of the National Academy of Sciences of USA 107: 10949-10954 (2010),
[IF=9,432]
6. Chmelař, J. – Oliveira, C.J. – Řezáčová, P. – Francischetti, I.M. – Kovářová, Z. – Pejler, G. – Kopáček, P. – Ribeiro, J.M. – Mareš
M. – Kopecký, J. – Kotsyfakis, M. A tick salivary protein targets cathepsin G and chymase and inhibits host inflammation and
platelet aggregation. Blood. Oct 12. [Epub ahead of print] [IF=10,560]
ÚMBR
7. Schaufele, R. – Šantůček, J. – Schnyder, H.: Dynamic changes of canopy–scale mesophyll conductance to CO2 diffusion of
sunflower as affected by CO2 concentration and abscisic acid. Plant, Cell and Environment. Roč. 34, (2011), s. 127–136. [IF =
5,081]
8. Macas, J. – Neumann, P. – Novák, P. – Jiang, J.: Global sequence characterization of rice centromeric satellite based on
oligomer frequency analysis in large–scale sequencing data. Bioinformatics. Roč. 26, č. 1797 (2010), s. 2101–2108. [IF = 4,926]
9. Špak, J. – Holý, A. – Pavingerová, D. – Votruba, I, – Špaková, V. – Petrzik, K.: New in vitro method for the evaluation of antiviral
activity of acyclic nucleoside phosphonates against plant viruses. Antiviral Research, Roč. 88, (2010), s. 296–303. [IF = 3,612]
10. Novák, P. – Neumann, P. – Macas, J.: Graph–based clustering and characterization of repetitive sequences in next–generation
sequencing data. BMC Bioinformatics. Roč. 11, č. 1 (2010), s. 378–389. [IF = 3,428]
HBÚ
11. Šimek, K. – Kasalický, V. – Jezbera J. – Jezberová, J. – Hejzlar, J. – Hahn, M. W.: Broad habitat range of the phylogenetically
narrow R-BT065 cluster representing a core group of the betaproteobacterial genus Limnohabitans. Applied Environmental
Microbiology. 76, č. 3 (2010) s. 631-639. [IF=3,686]
12. Hahn, M. W. – Kasalický, V. – Jezbera J. – Brandt, U. – Šimek, K.: Limnohabitans australis sp. nov. isolated from a freshwater
pond.mInternational. Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Roč. 60, (2010) s. 2946-2950. [IF=2,222]
13. Kasalický, V. – Jezbera J. – Šimek, K. – Hahn, M. W.: Limnohabitans planktonicus sp. Nov. and Limnohabitans curvus sp. nov.
two novel planktonic Betaproteobacteria Isolated from a freshwater reservoir. International Journal of Systematic and Evolutionary
Microbiology. Roč. 60, (2010) s. 2710-2714. [IF=2,222]
47
14. Hahn, M. W. – Kasalický, V. – Jezbera J. – Brandt, U. – Jezberová, J. – Šimek, K.: Limnohabitans curvus sp. nov., gen. nov., a
planktonic bakterium isolated Isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
Roč. 60, (2010) s. 1358-1365. [IF=2,222]
15. Šimek, K. – Kasalický, V. – Horňák, K. – Hahn, M. W. – Weinbauer, M.W.: Assessing niche separation in coexisting
Limnohabitans strains through interactions with a competitor, viruses, and a bacterivore. Applied Environmental Microbiology. Roč.
76, č. 5 (2010) s. 1406-1416. [IF=3,686]
16. Jezberová, J. – Jezbera, J. – Brandt, U. – Lindstroem, E.S. – Langenheder, S. – Hahn, M.W.: Ubiquity of Polynucleobacter
necessarius ssp asymbioticus in lentic freshwater habitats of a heterogenous 2000 km2 area. Environmental Microbiology Roč.
12, č. 3 (2010): s. 658–669 [IF=4,909]
17. Jezbera, J. – Jezberová, J. – Brandt, U. – Hahn, M.W.: Ubiquity of Polynucleobacter necessarius subspecies asymbioticus
results from ecological diversification. Environmental Microbiology. (2010), v tisku. [IF=4,909]
18. Porcal, P. – Amirbahman, A. – Kopáček, J. – Norton, S. A.: Experimental photochemical release of organically bound aluminium
and iron in three streams in Maine, USA. Environ. Monit. Assess. 171, (2010), s. 71-81. [IF=1,356]
19. Prchalová, M. – Mrkvička, T. – Kubečka, J. – Peterka, J. – Čech, M. – Muška, M. – Kratochvíl, M. – Vašek, M.: Fish activity
as determined by gillnet catch: A comparison of two reservoirs of different turbidity. Fisheries Research 102, (2010), s. 291-296.
doi:10.1016/j.fishres.2009.12.011 [IF=1,703]
20. Prchalová, M. – Mrkvička, T. – Peterka, J. – Čech, M. – Berec, L. – Kubečka J.: in print, 2010 A model of gillnet catch in
relation to the catchable biomass, saturation, soak time and sampling period. Fisheries Research.
doi:10.1016/j.fishres.2010.10.021 [IF=1,703]
ÚPB
21. Čuhel, J. – Šimek, M. – Laughlin, R.J. – Bru, D. – Chèneby, D. – Watson, C.J. – Philippot, L.: Insights into the effect of soil pH on
N2O and N2 emissions and denitrifier community size and activity. Applied and Environmental Mikrobiology, Roč. 76 (2010), s.
1870-1878. [IF= 3,686]
22. Bastian, F. - Jurado, V. - Nováková, A. - Alabouvette, C. - Saiz-Jimenez, C.: The microbiology of Lascaux Cave. Microbiology,
Roč.156 (2010), s. 644-652. [IF=0,638]
23. Devetter, M.: A method for efficient extraction of rotifers (Rotifera) from soils. Pedobiologia, Roč. 53 (2010), s. 115-118. [IF=
2,414]
48
24. Chroňáková A. - Krištůfek V. - Tichý M., - Elhottová D.: Biodiversity of streptomycetes isolated from successional sequences on
brown coal colliery substrates and their evidence in Miocene lacustrine sediment. Research in Mikrobiology, Roč. 165 (2010), s.
594-608. [IF= 2,154]
25. Hill, P. - Krištůfek, V. - Dijkhuizen, L. - Boddy, Ch. - Kroetsch, D. - Elsas van, J.D.: Land use intensity controls actinobacterial
community structure. Microbial Ecology, v tisku (DOI 10.1007/s00248-010-9752-0). [IF= 3,251]
7. Popularizační a propagační činnost
1
Číslo
2
Název akce
1
Den otevřených dveří
2
Ústavy AVČR
3
Popis aktivity
Prezentace jednotlivých ústavů BC, zejména pro základní a
střední školy (celkem na BC 731 návštěvníků)
Propagace činnosti Biologického centra AVČR v Českých
Budějovicích
5
Spolupořadatel
Česká
Televize
6
Datum a místo konání
4. a 5. 11. 2010, BC
AV ČR
ČT 2, prosinec 2010
ENTÚ
3
Pořad Víkend
4
Lepidopterologické
kolokvium V.
5
6
Rozhovor pro rádio
Leonardo
TV vysílání
7
Výstava Mikrosvět 2
PAÚ
8
Co se dozvíte ze
Muška octomilka jako modelový organismus pro studium
závažných lidských onemocnění
Workshop, kde se tradičně setkávají čeští a slovenští
lepidopterologové z řad profesionálů, amatérů a pracovníků
ochrany přírody
Hmyzí hormony, rádio Leonardo
Účast v pořadu O vědě a vědcích (13/13), (cyklus portrétů
českých vědců, kteří představují nejzajímavější výsledky svého
bádání.)
Organizace výstavy vědecké fotografie v Galerii nahoře,
Metropol Č.Budějovice (v rámci Týdne vědy)
Článek J. Lukeše pro časopis Reflex
49
Televize Nova
Nova, červen 2010
26.11.2010, České
Budějovice
rádio
Leonardo
Připravil
Z. Pojman
Odvysíláno 10. 11.
2010
ČT 2, 1.12. 2010,
16:25
Weyda,
Znachor,
Maříková
1. až 30. listopadu
2010
Časopis
14.10. 2010
1
Číslo
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
2
Název akce
svých slin
Bojím se mylných
hodnotových měřítek
Dva “stare” druhy
trypanozom – petite
mutanti trypanozomy
spavičné
Editování RNA: od
obskurnosti k
všudypřítomnosti
Máme poslední šanci
dostat se do první
vzdělanostní ligy
Krátce o klíšťatech a
komárech v zimě
O klíšťatech a jejich
přezimování, jak
může tuhá zima
ovlivnit počty klíšťat
následující jaro?
Ke klíšťatům a také
k našemu bavorskému
projektu.
Zemřel Jiří Lom,
osobnost světové
parazitologie
O parazitologii
klíšťatech, železe,
Rozhovor s L.
Grubhofferem
3
Popis aktivity
Rozhovor J. Lukeše s Franciskem Ayalou pro časopis Vesmír
5
Spolupořadatel
Reflex
Časopis
Vesmír
Časopis Živa
Článek J. Lukeše pro časopis Živa
6
Vesmír 89, 345-346,
2010
Živa 5, 202-203,
2010
Článek H. Hashimiho a J. Lukeše pro časopis Živa
Časopis Živa
Živa 6, 249-253,
2010
Článek J. Konvalinky, P. Jungwirtha a J. Lukeše pro časopis
MF Dnes
MF Dnes
MF Dnes 7.9.2010,
str. 9.
Rozhovor L. Grubhoffera pro ČT
ČT1
Krátký rozhovor po telefonu s L. Grubhofferem pro TV GIMI
TV GIMI
vysíláno 14/2/2010
v Událostech, 19:20
17/2/2010 na Primě
Rozhovor V. Höniga pro TV GIMI
TV GIMI
TV GIMI 20/2/2010
Článek L. Grubhoffera a I. Dykové pro časopis Živa
Časopis Živa
Živa 3, XLI, 2010
L. Grubhoffer hostem v pořadu „Vstupte“ R. Tamchyny
ČR
Rozhovor A. Binderové
ČR
ČRo Leonardo 23.6.
2010
Sedmička 30.9. 2010
50
1
Číslo
2
Název akce
19
Věda a umění jsou
součástí světového
dědictví
O parazitech a dalších
nemocech
přenášených potkany
O parazitech
Svalbardu
Komáři v boji proti
malárii
Parasites rock the
night: Vše co jste chtěli
vědět o parazitech, ale
báli jste se zeptat“
20
21
22
23
HBÚ
24
3
Popis aktivity
5
Spolupořadatel
Článek L. Grubhoffera pro Akademický bulletin
Akademický
bulletin
Rozhovor O. Ditricha pro televizi Prima
Televize
Prima
Rozhovor O. Ditricha pro ČT
ČT
Rozhovor J Kopeckého pro pořad Milenium
ČR
Vědecko-kulturní večer v českobudějovickém klubu Solnice
Přednáška na festivalu Ekofilm
MŽP
Výstava mikrofotografií
BC AV ČR
ÚPB
26
TV pořad
Informace o ceně J. Heyrovského za práci SOČ řešenou na
ÚPB BC AVČR , a rozhovor se studentkou (Alžběta Elhottová)
a školitelkou (D. Elhottová)
TV GIMI
27
TV pořad
ČT1
28
29
30
TV pořad
Rozhlasový pořad
Uhelná krajina:
Sokolovské lomy a
Významný objev vědců na jižní Moravě – rozhovor s V. Pižlem
a J. Ruskem
PORT - název dílu „Život v půdě“.
Nejdelší žížala ČR – rozhovor s V. Pižlem
Exkurze do sokolovských výsypek a lomů
51
Akademický bulletin
(9), 6-7, 2010
ČT 24, 28.4. 2010
15.4.2010, klub
Solnice
Ekosystémy stojatých
vod...
Mikrosvět II
25
6
6.říjen, České
Budějovice
Listopad, České
Budějovice
8.3.2010: Minuty z
regionu
29.3.2010: Českobavorský magazín
25.7.2010: Události
ČT1
7.4.2010: PORT
ČR2
19.6.2010: Meteor
Česká
18.9. 2010, Sokolov
společnost pro
1
Číslo
31
32
33
2
Název akce
výsypky
populárně-naučný
článek
článek
článek
3
Popis aktivity
Akvatická fauna v půdním prostředí – jak ji pozorovat. Živa
2/2010
Pižl, V. Co dělají žížaly v zimě. Internetový časopis Praktický
život, listopad 2010
Nováková, A., Mlejnek, R., 2010. Netopýři v ohrožení? Ochrana
přírody 2/2010
5
Spolupořadatel
ekologii
Živa
Praktický život
Ochrana
přírody
6
Živa 2/2010
Praktický život
11/2010
Ochrana přírody
2/2010
8. Seznam ilustrací
Oddíl:
2c
Číslo řádku: 1
Název česky: Náhrada buněk larvální epidermis během metamorfózy
Název anglicky: Replacement of larval epidermal cells during metamorphosis
Popis česky: Náhrada buněk larvální epidermis (velké buňky) novými buňkami dospělce během metamorfózy mouchy Drosophila
vyžaduje potlačení aktivity genu atf3.
Popis anglicky: Replacement of larval epidermal cells (the larger cells) with new adult cells during metamorphosis of the fly Drosophila
requires downregulation of the atf3 gene.
Označení ilustrace: „obr._BC-ENTU_2c-1“
Oddíl:
2c
Číslo řádku: 11
Název česky: Ekologická diferenciace uvnitř P. n. asymbioticus
Název anglicky: Ecological differentiation within P. n. asymbioticus
Popis česky: (A)Fylogenetický strom 152 kmenů bakterie P. n. asymbioticus, skupiny bakterií (celkem 13) jsou označeny různými
barvami. (B) Relativní detekce různých skupin na gradientu vzrůstajícího pH na celkem 121 habitatech. (C) Graf vodivosti versus pH na
121 habitatech. (D) Diversita P. n. asymbioticus vypočítaná pomocí Shannonova indexu.
Popis anglicky: (A) Phylogenetic tree of P. n. asymbioticus strains (152 isolates), 13 groups are indicated by different colors. (B) Relative
detection of different groups across the 121 habitats, sorted by increasing pH. (C) Plot of conductivity values pH against values of all 121
habitats. (D) Diversity of P. n. asymbioticus assemblages calculated as Shannon index (eH’.)
52
Označení ilustrace: „obr_BC-HBU_2c-2“
Oddíl: 2b
Číslo řádku: výsledek 13
Název česky: Odběr půdních vzorků
Název anglicky: Soil sampling
Popis česky: Při měření emisí plynů z půd se také odebírají půdní vzorky na stanovení vybraných charakteristik
Popis anglicky: During measurements of gas emissions from soils, soil sampling is also performed to get soil samples for additional
determination of selected characteristics
Označení ilustrace: „obr_BC-UPB_2b_1“
Oddíl: 2e
Číslo řádku: 10
Název česky: Sbírka kultur půdních aktinomycetů Ústavu půdní biologie – CCACB
Název anglicky: CCACB - Culture Collection of Actinomycetes of the Institute of Soil Biology
Popis česky: V Ústavu půdní biologie BC AV ČR, v. v. i. v Českých Budějovicích je vedena Sbírka kultur půdních aktinomycetů – CCACB
s podporou projektu MŠMT ČR (2B06154) a Výzkumného záměru AV0Z60660521.
Popis anglicky: The CCACB - Culture Collection of Actinomycetes of the Institute of Soil Biology České Budějovice, Czech Republic is
being supported by the MEYS CR (project No. 2B06154) and by the Research Plan No. AV0Z60660521).
Označení ilustrace: „obr_BC-UPB_2e_1“
Vyplnil dne: 20.1. 2011
Jméno: Michaela Krištůfková
tel.: 387775051
53
e-mail: [email protected]

Textová část - Biologické centrum AV ČR, vvi

Transkript

Podobné dokumenty

Čech S., Valigurský V.