Úvod k interpretaci MS a NMR spekter, Jak nepsát publikace

MODELOVÉ ÚKOLY
• Vzorky distribuovány na začátku LS
• NMR data mají všichni kromě Jana Bílka
• Obhajoba struktury na konci zimního semestru
(zápočet)
• NMR, MS, IR jsou základ, jestli si seženete něco
navíc, tím líp pro vás
• NMR spektra nasbírána v Praze (dostali jste jpg i
raw data), MS a IR by jste si měli pořešit v
Olomouci (sami vzorek připravit, změřit……
spektra zinterpretovat)
• Kdo chce, může za mnou vyrazit do Prahy (NMR,
MS)
Looking into the fine structure of isotopes
mass defect of isotopes
10
1H
13C
5
mass defect [mDa]
0
14N
15N
12C
-5
18O
16O
-10
-15
-20
-25
32S
-30
33S
-35
34S
12C
14N
32S
12.00000
14.00307
31.97207
1.00335 Da
0.99953 Da
0.99704 Da
33S
(0.8%)
0.99641 Da
13C
15N
(1.1%)
12.00
13.00
(0.37%)
m/z
14.0
15.0
34S
(4.5%)
33.96787
m/z
32.0
33.0
m/z
Courtesy: Arnd Ingendoh and Michal Bohac, BDAL
Minimální MS základ
• Najdu molekulární ion ve spektru a určím jeho
elementární složení (izotopy nebo přesná
hmotnost)
• Změřím si produktové spektrum a na
fragmentech udělám totéž
• Dusíkové pravidlo, počet kruhů a dvojných vazeb,
atd… bakalářská analytika
• Vztahy mezi ionty, resp. jejich elementárním
složením (neutrální ztráty skupin versus illogical
losses)
• Navržená struktura se koreluje s NMR (počet
uhlíků v 13C ) a IR
A zas něco pro ty, co mají na víc:
• Elementární složení si generujte s Luckou Hartmanovou
přímo na Q-TOFu. Pro budoucí použití si vaše MS
spektra (Waters, Thermo, cokoli) vyexportujte ve formě
peaklistu (m/z, intenzita)
• Můžete peaklist tahat přes clipboard, libovolně
• Stáhněte si MartinMass (www.mmass.org)
• File, New From Clipboard
• Processing, Swap data
• Mass Calculator: simulace izotopového profilu
• Mass to Formula: zadejte změřenou hmotnost,
přesnost měření (ppm) a generujte složení. Využijte
„composition rules“
• Využijte hmotnostní defekty, rekalibrace, differences,
integrované knihovny, webové nástroje….
Snadné prohlížení NMR raw dat:
pro prohlížení 1D a 2D spekter (včetně
integrování apod.) lze stáhnout z třeba z:
http://www.acdlabs.com/resources/freeware
/nmr_proc/
Prohlížení NMR raw dat
pro prohlížení v zmiňovaném NMR procesoru od
ACDLabs stačí po spuštění programu
naimportovat některý z procesních souborů
označených jako "r" (u 1D experimentu) nebo
"rr" (u 2D experimentu)
ve složce "jméno vzorku" / "číslo experimentu" /
"pdata" / "číslo procesních dat "
Prohlížení pro fajnšmekry
Kdo si chce očichat nefalšované prostředí
TOPSPINu, dá se stáhnout po
zaregistrování z Brukřích stránek:
http://www.bruker.com/service/supportupgrades/software-downloads/nmr.html
...pokud se program spustí s přídaným
parametrem - developer (viz obrázek) ,
dá se spustit i bez zakoupené studentské
licence (která by jinak byla k mání za 99
Euro), nicméně s ním lze pak pouze
prohlížet spektra ( k integrování apod to
člověka už nepustí)
docela příjemná veřejně
dostupná a docela obsáhlá
databáze chemických posunů pro
1H a 13C se dá najít na adrese:
http://www.chem.wisc.edu/areas
/organic/index-chem.htm
pod záložkou NMR spectroscopy
Když ani teď netušíte, jakou látku držíte v ruce,
pak je to správný moment pro první
konzultaci…..třeba v úterý 3.5. 12:00-13:15
Zápočet:
3.5.2016 13:15-14:15 na katedře
Jak nepsat publikace
Vladimír Havlíček za podpory Sandyho Dasgupty, TX
Katedra analytické chemie, UP
Základní pravidla pro diplomky
• Pták na stromě………………..Straka na vrbě
• Jednoduchý text bez složitých spojení a epické omáčky alá
A. Jirásek
• Srozumitelná stavba (návaznost myšlenek, plynulost
příběhu, čtivost)
• Malé logické celky uzavřeny do odstavců, větší informační
balíky do podkapitol (možnost nádechu pro čtenáře).
Minimální počet vět v odstavci: 3.
• Podkapitola by na konci měla mít shrnující odstavec (ne
duplikace informací, nýbrž vlastní pohled na věc, vize)
• Nedá se to zcela naučit, je třeba celoživotně trénovat.
• Nebuďte moc naštvaní na svoje školitele, že vám škrtají celé
odstavce. Pomstíte se časem svým vlastním studentům
nebo doktorandům.
Název
Sexy, přitažení pozornosti…. Pak budou
citace
Spoluautorství
Test: při vyjmutí příslušné části dojde ke
snížení kvality/vypovídací hodnoty (článek by
nebyl přijat do konkrétního časopisu)
Abstrakt
Výstižný, stručný, ani slovo navíc
Jasně definující cíle, základní metodu a rámcové výsledky
Zdůraznit: unikátnost a potřebnost pokusu,
přesnost měření, detekční limit
Abstrakt NENÍ úvod článku, nýbrž SHRNUTÍ
Optimizing the title and abstract of
your paper to increase discoverability
( Search Engine Optimization)
• The frequency and context in which the
keywords are used are both important for the
search engine to rank the relevance of the result.
• Consequently, more relevant search results will
appear “on top” of the list, and will be more
“discoverable”.
TITLE
currently Google displays only the first approx. 55-60 characters (this is
defined by the actual width in pixels) in the search results listing (note
that Google Scholar does not truncate the displayed titles).
It is advisable to convey as much meaning as possible within the
first 55-60 characters because the visible part often determines
whether the reader clicks on the result in a list of other possibilities.
Use titles which convey a message – what were the main
results; be descriptive – mention method used and use specific rather
than general terms. Be as explicit as possible with the statement of the
main finding in your title, hence optimizing content of phrases that
might be searched for; even more importantly, this focuses the eye on a
concrete finding.
Truncated title in Google results
Full title in Google Scholar results
ABSTRACT
• Your abstract should mention your key finding early,
because Google Scholar shows the first couple of lines of
an abstract in the results output. Use keywords and
abbreviations that are optimized for your target
community. Do not use custom-defined abbreviations in
the abstract and spell out less common abbreviations; do
use “keyword abbreviations” such as SWATH-MS or SILAC.
• Your primary school teacher might have told you to avoid
repeating words when writing. In this case this is not true.
Repeat the keywords to maximize the impact and increase
the relevance for search engines. The general area of study
should be repeated two to three times as a rule of thumb.
Introduction
•
Nejtěžší je první věta: musí čtenáře uhranout
•
Vyprávějte příběh
•
Proč je vaše práce významná?
•
Jaký problém řešíte?
•
Co bylo doposavad o problému a jeho řešení známo?
•
Citujte relevantní kompletní literární zdroje
•
Kam vaše výsledky posunují úroveň poznání?
•
Nekritizujte příliš předchozí práce
•
Co jste tedy udělali a o čem hodláte informovat
Experimental
Dejte dostatek informací, aby kdokoli mohl vaše
pokusy a postupy zopakovat (vymyšlené výsledky)
Chemicals
Instrumentation
Procedures
Citace!!!
Results and Discussion
• Stručně a výstižně!
• Řadit podkapitolky podle témat
• Tabulky a obrázky pomohou laikovi v lepší
orientaci
• Do textu pouze zásadní tabulky, obrázky a
schémata, zbytek do Supplementary
information
• V obrázcích kombinovat co nejvíce
informací
Rozložení složitých souvětí do více kratších vět:
You will thereby increase the number of headings that are recognized by Google.
Such a structure is easier for readers to digest and remember (the memory effect of
each chunk is optimized).
Results and Discussion
• Stručně a výstižně!
• Řadit podkapitolky podle témat
• Tabulky a obrázky pomohou laikovi v lepší
orientaci
• Do textu pouze zásadní tabulky, obrázky a
schémata, zbytek do Supplementary
information
• V obrázcích kombinovat co nejvíce
informací
• V tabulkách to moc nepřehánět, používat SI
• CO vás vedlo k použití nové chemikálie,
postupu? Že to funguje je fajn, ale co vás k
volbě vedlo?
Validation
• Metoda není věrohodná pokud získané výsledky
nejsou podloženy jinou, nezávislou, metodou.
• Analýza certifikovaných standardů
• GLP, PCA, kalibrace, význam slepých vzorků,
odchylky měření, t-test….
Conclusions
Neopakuje se abstrakt
Přidává se vlastní hodnocení, vize
Obecná část diplomky
• Nepoužívat metodu cut and paste
(plagiarizace)
• Převyprávět, abyste tomu sami rozuměli
• Část lze dát jako kapitolu do knihy, nikdy ne
jako úvod do odborné publikace
Vědecká literatura
• Je plná informačního šumu
• Nezbytný peer-review proces je u časopisů s
nízkým IF méně důsledný než u vysoce citovaných
periodik (vypracovat kvalitní posudek stojí čas a
úsilí)
• I u vysoce citovaných periodik se lže: pro získání
tenure jsou potřeba publikace v Nature, Science,
PNAS, atd.
• Bylo provedeno více jak 2000 retrakcí z těchto
nejprestižnějších časopisů, nejčastějším důvodem
byly zcela vymyšlené výsledky
TOP TEN RETRACTORS
Journals with the most retractions attributable to fraud or suspected fraud, as recorded in PubMed
Journal
The Journal of Biological Chemistry
Anesthesia & Analgesia
Science
The Journal of Immunology
Proceedings of NAS
Blood
Nature
The Journal of Clinical Investigation
Cancer Research
Cell
Number of articles
37
33
32
30
27
21
19
17
16
13
2011 impact factor
5.12
3.07
32.45
5.86
10.47
9.79
36.24
15.43
8.16
34.77
4 OCTOBER 2012 | VOL 490 | NATURE | 21:
The survey examined all 2,047 articles in the PubMed database that had been marked as
retracted by 3 May 2012.
Total retracted articles: 2047
Fraud/suspected fraud :
Duplication
Plagiarism
Other
43.4%
14.2%
9.8%
11.3%
ZOË CORBYN: Misconduct is the main cause of life-sciences retractions
OCTOBER 2012 | VOL 490 | NATURE | 21
Calling all failed replication experiments
Jocelyn Kaiser
Science 05 Feb 2016:
Vol. 351, Issue 6273, pp. 548
• The contradictory results—
along with successful
confirmations—will be
published by F1000Research,
an open-access, online-only
publisher. Its new Preclinical
Reproducibility and Robustness
channel, launched on 4
February, will allow both
companies and academic
scientists to share their
replications so that others will
be less likely to waste time
following up on flawed
findings
“I do think it's proper to show data and let people decide for themselves, and that's the
plan here.”
Sasha Kamb, Amgen
Irreproducible biology research costs
put at $28 billion per year
Monya Baker
09 June 2015, Nature News
• Odhad jedne americke
studie totiz je, ze
nereprodukovatelne
vyzkumne studie stoji rocne
danoveho polatnika jenom v
USA neco mezi 10 - 50 mld.
USD utracenych za vyzkum
vychazejici z
nereprodukovatelnych
vysledku tech druhych...
• Treba takoveto zurnaly
pomohou alespon zcasti
korigovat perverzni
dusledky onoho tlaku na
"aritmeticky" vykon,
vybizejiciho k nizsim
etickym standardum
vedecke prace v
celosvetovem meritku.
Martin Rychlík (6.6.2012):
Jak proniknout (podvodně) do vědeckého
TOP10 (humanitní a společenské vědy)
• Podvádět bylo až příliš jednoduché:
ambiciózní vědci si se sobě blízkými
kolegy a pracovišti začali v databázi
SSRN stahovat své vlastní studie, aby
„vylepšili“ jejich „inspirativnost“ a
oblibu.
• Nejvíce podvodů bylo identifikováno u
studií, které se blížily k ,nejstahovanější
desítce‘, kupříkladu na 12. či 13. místě.
• Akademici, kteří v následujících dvou
letech změnili zaměstnavatele, a byli
proto motivováni, aby se ukázali
produktivnější, rovněž vykázali o něco
větší míru podvádění.
• Ženy podváděly o něco méně než muži
a ekonomové méně než právníci...
http://www.ceskapozice.cz/domov/veda-vzdelavani/jak-proniknout-podvodne-do-vedeckeho-top10
Rejection improves eventual impact of manuscripts
• Dobrá zpráva pro všechny, kterým zamítnutí publikace pravidelně
kazí náladu: Znova podané verze publikací mívají následně vyšší
citovanost!
• V. Calcagno: monitoroval publikační proces 80,748 vědeckých článků
v 923 časopisech v letech 2006 and 2008.
• Zjistil, že 3–6 let po publikaci měly články, které byly přijaty na druhý
pokus, vyšší citovanost než ty, které byly přijaty napoprvé. Ukazuje
to kladný dopad PEER REVIEW a tlak EDITORA na kvalitu publikace.
• Přitom obecnou tendencí bylo, že autoři šli z časopisů s vyšším IF do
nižšího.
• Kolem 75% všech publikovaných prací skončí tam, kam byly
směrovány při prvním podání.
• What doesn't kill you makes you stronger
• Jiná studie (Angewandte Chemie) ukazuje, že jenom minimum
rukopisů se DRAMATICKY změní mezi prvním a dalším zasláním do
redakce.
Calcagno, V. et al. Science http://dx.doi.org/10.1126/science.1227833 (2012).
Commentary: Philip Ball, Nature doi:10.1038/nature.2012.11583
Při psaní rukopisů využijte
databázové zdroje
Thomson Reuters: Placené databáze
• Derwent Innovations Index® facilitates rapid,
precise patent searching, letting you conduct
patent and citation searches of inventions in
chemical, electrical, electronic, and mechanical
engineering.
• The Data Citation Index on the Web of Knowledge
platform provides a single point of access to
quality research data from repositories across
disciplines and around the world.
• BIOSIS Citation Index, Zoological Record®, Current
Contents Connect®, MEDLINE® and much more…
Scifinder, Viewing Reference Results
To export to Endnote, select the Tagged format and save the file to your computer. To
load the references into your EndNote Library, open your library and select the tagged
file using File:Import and the SciFinder filter.
Note: If no references are selected SciFinder defaults to exporting the first 100 in the list.
Freeware pro reference
http://jabref.sourceforge.net/
• Dá se importovat z EndNoteWeb
• Plugin do Openoffice, import do MSOffice
přes xml
• Má i svoje mouchy: formát výstupů je příliš
triviální, formát odkazu se musí tvořit
Stáhli jsme PDF a následuje práce s
textem:
• Skimming
• Slow Read
• Resumé
Skimming
Důkladně pročíst úvod a závěr
Postřehnout, co se autor snaží říct
Zkoumání titulků, vytvoření otázek na ně
Soustředit se na věty typu: I will argue that….
This book is about ….
• Zodpovědět otázky: jaké je téma a co už o tom
vím
• Najít a přeložit si neznámá slova
•
•
•
•
Slow read
• Najít hlavní myšlenku (tezi) a zaznamenat ji (bude
v úvodu)
• Do jedné nebo pár vět shrnout každý odstavec
• Protestovat, klást otázky, vyslovovat souhlas
• Psát komentáře u textu, zvýrazňovat postupy a
myšlenky
• Z každého odstavce vybrat jedno „klíčové slovo“
• Snažit se vést s autorem dialog
• Klíčové informace budou na začátku a konci
kapitol
Resumé
• Napsat celkové shrnutí textu z komentářů a
vlastních podnětů a připomínek
• Uvést všechna klíčová slova
Některé nepříjemnosti:
Autoři zhusta NECITUJÍ práce jiných (kompetitorů). Tady
lze pouze tiše doufat, že si toho oponent nevšimne.
Je fajn citovat vlastní RELEVANTNÍ práce. Pokud to
neudělám, naznačuji, že jsem něco podobného již v
minulosti publikoval….
Mohlo by se jednat o plagiát sebe sama (self-plagiarism)!
Surgery 129, 655-661 (2001) ukazuje, že jeden z šesti
článků v oboru jsou plagiáty či self-plagiáty.
Koho zajímají přesnější data
• Espacenet: cca 70 procent (Mgr. Kratochvíl,
ÚPV) databáze je správně (pro firmu jsou
náklady za zrušený patent velmi vysoké,
„kvalita“ publikace většinou reflektuje jen
kvalitu garanta projektu/vědeckého týmu)
• Něco: schválně zanesené chyby
• Espacenet: jakto, že to funguje a je to volně
dostupné? Až na to přijdou Čínani, Rusové,
atd, tak se to zpoplatní…
Úřad průmyslového vlastnictví
•
•
•
•
http://www.upv.cz/cs.html
Antonína Čermáka 2a
160 68 Praha 6 - Bubeneč
Tel/Fax: 220 383 111 / 224 324 718
E-mail: [email protected]
Adresa datové schránky: ix6aa38
Vstup do online databází:
• ÚPV (patenty, vzory, známky)
• EPO, WIPO, OHIM
• Systémy třídění: MPT, Locarno, Nice,
Vídeň
JASMS: kontrola za 2009
• www.ithenticate.com
• Něco našli, ne moc (kopírování experimentálních částí
v pěti případech)
• Doporučení editorů: hlásit vše, kde je překryv textu
větší než 30 procent
• Doporučení autorům: radši to přepsat, než být
obviněn
• JASMS bude standardně používat ITHENTICATE na
nové submise
Editorial JASMS 24, 986-987 (2013)
Anal. Chem. 2014
• Editor in Chief: examines and decides to
reject or distribute to Assoc. Editor
• Assoc. Editor examines and decides to reject
or distribute to three reviewers
• Cross Check: antiplagiarism software and
iThenticate database
• Moudrosti se nedá naučit, člověk ji musí
objevit sám na cestě, kterou za něj nikdo
nemůže podniknout, ani mu ji ušetřit, protože
moudrost je pohledem na skutečnost.
Marcel Proust
• “To strive, to seek, to find, and not to yield.”
Tennyson