Stáž v IUPUI Indianapolis, USA

Inovace vzdělávání v chemii a biologii s ohledem na aktuální trendy
v biomedicinálním výzkumu
reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0184
Zahraniční studentská stáž v IUPUI,
Indianapolis, USA
Indianapolis
Ubytování
Apartments of Riverwalk
V apartmentu byly 2 ložnice, kuchyně s
obývacím pokojem a koupelna.
Apartment se nacházel asi 15min
chůze od fakulty, případně 5 min
školním autobusem.
Skvělí kamarádi
Studentský spolek Women in the science
Kampus
Faculty of science
Laboratoř
Kolektiv na univerzitě
Náš vedoucí Geno
Samaritoni a stážista z
Taiwanu
V tomto kolektivu jsme se scházeli
každý týden na meetingu
Příprava homogenní směsi pryskyřic a
rozdělení do vialek
O
W
O
H
N
O
W
O
Fmoc
BuOt
Homogenní směs pryskyřice
Pryskyřice v řadě A Bill Boardu
H
N
Fmoc
Odchránění Fmoc protektivní skupiny a
acylace
O
O
Piperidin,
NMP (DMF), rt
O
H
N
O
R1
O
H2N
R2CO2H (5 ekviv.)
O
R1
DIC (5 ekviv.)
HOBt (5 ekviv.)
1 den
O
H
N
R2
O
O
1
R
Reakce prvního BB probíhala přes noc a reakční
směs byla promíchávána
Štěpení produktů
O
H
N
2
R
O
O
R1
TFA, DCM, H2O
(35:60:5)
30 min, rt
Produkty štěpení byly vypuštěny do vialek
O
H
N
R2
O
OH
R1
První úkol: BB#1
A
H
N
N
O
H
N
OH
H
N
O
O2N
H
N
OH
O
OH
OH
O
O
H
N
OH
O
OH
O
O
OH
O
H
N
O
O
N
B
O2N
O
OH
OH
Druhý úkol: BB#2
A
N
H
N
O
H
N
OH
O
N
B
O
H
N
H
N
OH
H
N
OH
O
O
H
N
OH
O
OH
O
O
OH
OH
O
O
O
O
OH
OH
Příprava vzorků na analýzy
Příprava TLC analýz
Aparatura na odfoukání roztoku z vialek dusíkem
P
r
o
d
u
k
t
Vyvíjení TLC (silika gel a CN-silika gel pod UV lampou)
HPLC/MS
Na HPLC/MS jsme analyzovaly
všechny produkty, jak hrubé
vzorky, tak přečištěné
produkty
Látky byly analyzovány také NMR
Vyzkoušely jsme si samy vzorky na NMR
připravit a spustit samostatnou analýzu
500MHz NMR spektroskop
Čištění produktů na
chromatografických kolonkách
Produkt z BB#1 nebo BB#2 se nadávkoval na CN-silicagel kolonku a vysušil se dusíkem
po dobu 2-4 hodin a pak následovala samotná chromatografie
Finální data z BB#1 řada A
O 2N
O
N
O
NH
OH
MT1-04A1
MW
NH
OH
O
Značka produktu
O
NH
OH
O
VC1-06-A1 MT1-04-A2
270,3
O
VC1-06-A2
MT1-04-A3
314,3
VC1-06-A3
345,4
Teoretický výtěžek (mg)
13,6
13,6
15,8
15,8
17,4
17,4
Výtěžek (mg)
18,2
20,6
15,6
17,1
14,5
15,4
QNMR Výtěžek (mg)
10,2
8,8
14,8
13,5
14,7
15,3
QNMR výtěžek (%)
74,6
64
85,7
85
84,5
88
Čistota - LC/MS při 210
nm
Přečistěný výtěžek (mg)
76%
66%
93,9%
82%
94%
96%
7,2
7,5
8,8
9,9
7,3
9,3
Přečistěný výtěžek (%)
53
55
56
63
42
53
Finální data z BB#1 řada B
O 2N
O
O
NH
N
NH
O
OH
OH
NH
O
OH
O
O
OH
OH
OH
Značka produktu
MT1-04-B1 VC1-06-B1
MT1-04-B2 VC1-06-B2
286,3
330,3
MW
MT1-04-B3
VC1-06-B3
361,4
Teoretický výtěžek
(mg)
Výtěžek (mg)
14,5
14,5
16,5
16,7
18,0
18,3
23,2
21,9
18,4
19,3
15,5
15,8
QNMR Výtěžek (mg)
13,8
12,3
13,0
13,1
15,5
15,0
QNMR výtěžek (%)
95,3
85
77,8
78
84,6
82
82%
87%
83%
88%
85%
5,6; 2,3
8,5
10,0
9,1
5,4
54
50,9
69
49,7
30
Čistota - LC/MS při 210 86%
nm
Přečistěný výtěžek
6,0; 2,9
(mg)
Přečistěný výtěžek (%) 61
Finální data z BB#2 řada A
O
O
N
OH
O
O
MT2-13-A1 VC2-18-A1
MW
Teoretický výtěžek (mg) 13,9
NH
OH
OH
Značka produktu
O
NH
NH
270,28
13,9
O
MT2-13-A2 VC2-18-A2
MT-13-A3
VC2-18-A3
13,8
269,3
13,8
16,4
319,35
16,4
Výtěžek (mg)
QNMR Výtěžek (mg)
QNMR výtěžek (%)
Čistota - LC/MS při 210
nm
Přečistěný výtěžek (mg)
19,5
12,5
89,6
92%
19
12,6
91
95%
15
12,9
93,3
96%
13,5
12,7
92
91%
17,4
15,1
92,1
97%
16,9
15,9
97
98%
-
8,0
-
8,2
-
10,9
Přečistěný výtěžek (%)
-
58
-
59
-
66
Finální data z BB#2 řada B
O
N
O
NH
O
NH
OH
O
OH
O
O
OH
OH
Značka produktu
MW
Teoretický výtěžek
(mg)
Výtěžek (mg)
QNMR Výtěžek (mg)
QNMR výtěžek (%)
Čistota - LC/MS při 210
nm
Přečistěný výtěžek
(mg)
Přečistěný výtěžek (%)
NH
OH
OH
MT2-13-B1 VC2-18-B1 MT2-13-B2 VC2-18-B2
286,28
285,3
14,7
14,7
14,6
14,6
MT2-13-B3 VC2-18-B3
335,35
17,2
17,2
21,9
11,6
86,4
91%
20,9
13,5
92
93%
16,1
13,0
89,0
92%
15,9
14,4
99
93%
18,9
15,0
87,2
96%
18,7
15,9
92
96%
-
6,9
-
10,4
-
10,8
-
47
-
71
-
63
BB#3
• Příprava produktů v BB3 se od předchozích
dvou trochu lišila
1. Alkylace celého BB#3
R1X,(3 ekviv.)
BTPP (3 ekviv.)
N
O
O
NMP, rt, 1 den
N
R1
O
O
Schéma reakcí BB#3
2. Neutralizace a hydrolýza celého BB#3
1)HCl:THF (1:2)
20min
N
R1
O
O
2)DIEA
H2N
O
R1
O
Schéma reakcí BB#3
3. Acylace řady B
O
H2N
O
R1
R2CO2H (5ekviv.)
DIC (5 ekviv.)
HOBt (5ekviv)
NMP, 1 den, rt
O
H
N
O
O
R1
Schéma reakcí BB#3
4. Odštěpení produktů
O
H2N
(35:60:5)
30 min, rt
O
R1
O
O
R1
H2N
OH
R1
O
H
N
O
(35:60:5)
30 min, rt
O
H
N
O
OH
R1
BB#3
A
O
O
H2N
H2N
O
H2 N
OH
OH
OH
CH3
B
H
N
O
O
H
N
OH
Br
O
H
N
OH
O
OH
O
O
CH3
Br
TLC analýza
• TLC analýza produktů z BB3 se prováděla na skleněné desce silikagelu
• Látky neobsahovaly dostatečný chromofor, proto jsme skvrny musely
vizualizovat
• Vizualizace skvrn se provedla ponořením plátu do roztoku ninhydrinu
a po vyjmutí z roztoku jsme plát zahřívaly, až se objevily barevné
skvrny.
Vizualizace v ninhydrinu
TLC desky po vizualizaci
Finální data z BB#3 řada A
H2N
OH
Značka produktu
MW
Teoretický výtěžek
(mg)
Výtěžek (mg)
H2N
O
H3C
O
H2N
O
OH
Br
OH
MT3-19-A1 VC3-34-A1 MT3-13-A2 VC3-34-A2 MT3-13-A3 VC3-34-A3
165,2
179,2
244,1
8,6
8,6
9,3
9,3
12,7
12,7
167,4 s
NMP
QNMR Výtěžek (mg)
3,4
QNMR výtěžek (%)
39,4
Čistota - LC/MS při 210 66.3% bez
nm
NMP;
8,3% s
NMP
Přečistěný výtěžek
(mg)
Přečistěný výtěžek (%) -
11,7
19,2
20,1
12,4 s NMP
19,6
6,1
71
77%
7,4
79,6
79,5% bez
NMP; 54%
s NMP
8,2
88
57%
3,7
10,6
29,2
83
69% bez
68%
NMP; 8.6% s
NMP
1,1; 2,6
-
1,4; 3,0
-
1,4; 3,6
43
-
47
-
39
Finální data z BB# řada B
O
O
NH
O
OH
NH
OH
OH
O
NH
O
Br
O
CH3
Značka produktu
MW
Teoretický výtěžek
(mg)
Výtěžek (mg)
MT3-13-B1 VC3-34-B1 MT3-13-B2 VC3-34-B2
14.3
275,3
14,3
16.0
MT3-13-B3
VC3-34-B3
15.0
289,4
15,0
18.4
354,2
18,4
11,9
12.6
13,8
15.4
15,3
QNMR Výtěžek (mg)
36.1
QNMR výtěžek (%)
252
Čistota - LC/MS při 210 82.3%
nm
19,8
138%
79%
17.9
119.4
76.7%
24,6
164%
80%
27.5
149.6
74.4%
28,4
154%
80%
Přečistěný výtěžek
(mg)
Přečistěný výtěžek (%)
-
5,5
-
5,7
-
7,3
-
38
-
38
-
40
Celý pobyt nebyla jen práce aneb výlet
do Chicaga
Willis Tower
Tradiční americké jídla =)