Metody získávání DNA z limitního FFPE vzorku. Školitel: doc. Mgr

Metody získávání DNA z limitního FFPE vzorku.
Školitel: doc. Mgr. Jiří Drábek, PhD.
Počet studentů: 1
Bakalářská práce
Získání dostatečného množství DNA dobré kvality je stěžejní bod další práce v molekulárněbiologické laboratoři. Pokud se to nezdaří, jsou tím znemožněny další genetické analýzy, což
může vést až k opakovanému odběru a zátěži pacienta (pokud je to vůbec možné). Množství a
kvalitu DNA ovlivňuje stav zdrojového materiálu (kousek tkáně, plazma) a metoda izolace
DNA. Standardní izolace genomové DNA spočívá v lýze buněk, navázání DNA na
silikátovou membránu nebo paramagnetické částice, promytí balastu a eluci DNA. Novější
způsob získání DNA, při kterém dochází rovnou k jejímu namnožení, se nazývá whole
genome amplification (WGA). Komerční kity pro standardní izolaci i pro WGA jsou nabízeny
několika firmami a zajímavé by bylo srovnat jejich parametry s ohledem na požadavky
laboratoře.
Cílem práce je sepsat rešerši na téma možností izolace DNA z limitního FFPE vzorku, srovnat
různé druhy izolace pro jednotlivé zdroje DNA vzhledem k následným aplikacím v laboratoři
prediktivní onkologie.
Reference:
1
ARNESON, N., MORENO, J., IAKOVLEV, V., GHAZANI, A., WARREN, K.,
MCCREADY, D., JURISICA, I. a DONE, S. J. Comparison of whole genome amplification
methods for analysis of DNA extracted from microdissected early breast lesions in formalinfixed paraffin-embedded tissue. ISRN oncology, 2012, 2012(710692-2090-567X.
2.
HIRSCH, D., CAMPS, J., VARMA, S., KEMMERLING, R., STAPLETON, M.,
RIED, T. a GAISER, T. A new whole genome amplification method for studying clonal
evolution patterns in malignant colorectal polyps. Genes, chromosomes & cancer, 2012,
51(5), 490-500. 1098-2264.
3.
LIANG, C. W., LEE, Y. S., MARINO-ENRIQUEZ, A., TSUI, K. a HUANG, S. H.
The utility and limitation of single nucleotide polymorphism analysis on whole genome
amplified mesenchymal tumour DNA in formalin fixed tumour samples. Pathology, 2012,
44(1), 33-41. 1465-3931.
4.
BOSSO, M. a AL-MULLA, F. Whole genome amplification of DNA extracted from
FFPE tissues. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2011, 724(161-180. 1940-6029.
5.
BAAK-PABLO, R., DEZENTJE, V., GUCHELAAR, H. J. a VAN DER STRAATEN,
T. Genotyping of DNA samples isolated from formalin-fixed paraffin-embedded tissues using
preamplification. The Journal of molecular diagnostics : JMD, 2010, 12(6), 746-749. 19437811.
Create PDF files without this message by purchasing novaPDF printer (http://www.novapdf.com)