Titulní strana, sylabus a doporučená literatura

Grafická prezentace a numerické
modelování geochemických dat
Krátký kurz jazyka
Vojtěch Janoušek,
[email protected]
Williams and Holland's Law:
If enough data is collected, anything may
be proven by statistical methods
Shaw's Principle:
Build a system that even a fool can use,
and only a fool will want to use it
Naeser's Law
You can make it foolproof, but you can't
make it damnfoolproof
Formát:
Jednosemestrální kurz, určený studentům vyšších ročníků popř. postgraduantům. Důraz je
kladen na praktické příklady a cvičení. Rozsah zhruba 20 hodin v několika více-hodinových
blocích.
Předchozí znalosti:
o matematika a statistika na úrovni střední školy (bez derivací a integrálů ☻) + matice,
o úvod do geochemie,
o základy práce s Windows,
o něco z angličtiny a použití Internetu.
Cíle:
o Zběžně seznámit frekventanty se stávajícím softwarem pro zpracování, grafickou
prezentaci a interpretaci geochemických dat (NewPet, IgPet, MinPet atd.) — jeho
výhody a slabiny.
o Vysvětlit základy syntaxe programovacího jazyka R.
o Ukázat použití R pro jednoduché geochemické a statistické výpočty, jakož i produkci
kvalitních grafických výstupů.
o Demonstrovat příklady geochemického modelování v R: petrogeneze vyvřelých
hornin.
Osnova
Dostupný SW pro geochemické přepočty a grafickou prezentaci dat
o
MinCalc, NewPet, MinPet, Norman, PetroGraph, spreadsheety.
Co s nimi lze a především co ne.
Základy programovacího jazyka R
o Proč právě R?
o Spouštění překladače, editace příkazů, práce v interaktivním režimu, dostupná
dokumentace
o Vektory (přiřazování, základní matematické a logické operace, funkce jako c, rep, seq,
is.na )
o Indexace vektorů, faktory (tapply, levels)
o Výstup na obrazovku, tiskárnu (print, cat)
o Matice (indexace, matematické operace, cbind, rbind, table)
o Seznamy
o Vstup dat ze souborů (scan, read.table)
o Podmíněné příkazy, příkazy cyklu (if - else, for - in, repeat, while)
o Uživatelské funkce
o Grafické výstupy (plot, pairs, hist, points, lines, polygon), tisk a export (WMF, HPGL,
PostScript), hlavní grafické parametry, interakce s grafickými objekty (locator,
identify)
Použití R pro jednoduché přepočty a prezentaci geochemických dat
o
o
o
o
Jednoduché geochemické a normativní přepočty (např. Niggliho hodnoty, A/CNK)
Základní statistika v R
Grafické výstupy (binární a ternární diagramy, spiderdiagramy, klasifikace)
Interpretace izotopických dat (především Sr–Nd)
Geochemické modelování
o Stopové prvky — dělení na kompatibilní a nekompatibilní, distribuční koeficienty
o Frakční krystalizace (přímé modelování hlavních a stopových prvků, trendy
v Harkerových diagramech a diagramu R1-R2, inverzní metody — metoda nejmenších
čtverců, log–log diagramy pro stopové prvky)
o Parciální tavení (přímé modelování stopových prvků)
o Binární míšení (přímé modelování na hlavních a stopových prvcích, trendy v
Harkerových diagramech a diagramu R1-R2, radiogenní izotopy; inverzní metody —
metoda nejmenších čtverců, diagramy využívající Sr–Nd izotopická složení)
o Slovo o AFC
Použitá a doporučená literatura
Albarède F. (1995): Introduction to Geochemical Modeling. Cambridge: University Press.
Becker R.A., Chambers J.M., Wilks A.R. (1988): The New S Language. London: Chapman & Hall.
Clarke D. (1994): NewPet for DOS. Accessed November 11, 2003, at URL
ftp://www.esd.mun.ca/pub/geoprogs/np940107.exe
Faure G. (1986): Principles of Isotope Geology. Chichester: J.Wiley & Sons.
Hornik K. (2003). The R FAQ. Accessed November 11, 2003, at URL http://cran.rproject.org/doc/FAQ/R-FAQ.html.
Provost A. (1990): An improved diagram for isochron data. Chemical Geology (Isotope Geoscience
Section), 80, 85-99.
Rollinson H.R. (1993): Using geochemical data: Evaluation, Presentation, Interpretation. London:
Longman.
The R Project for Statistical Computing. Accessed October 13, 2005, at URL http://www.rproject.org/
Venables B., Smith D., Gentleman R., Ihaka R. (1997): Notes on R: A Programming Environment
for Data Analysis and Graphics. Auckland: Department of Statistics.