Campylobacter fetus - Oblastní nemocnice Příbram

Raritní infekce
identifikované soupravami
ErbaLachema v ONP
Příbram
Petr Ježek
Oblastní nemocnice Příbram,a.s.
Spoluautoři:
Petr Petráš-NRL pro stafylokoky,SZÚ Praha
Pavel Švec-CCM,MU Brno
Josef Scharfen-NRL pro patogenní aktinomycety,
Oblastní nemocnice a.s. Trutnov
Úvod
1.
2.
3.
4.
5.
Zvyšující se výskyt podmíněně
patogenních nebo nových druhů
mikroorganismů
Zavedení molekulárně biologických metodtaxonomické změny
Zlepšující se diagnostika rutinních laboratoří
Pokroky v medicíně-vyšší přežívání pacientů
Zvyšující se výskyt imunosuprimovaných
pacientů
Stále se zvyšující věk populace
Lednice 6/2012
2
1.Helcococcus kunzii
Pacient č.1 -žena,53 let,v III/2007 operace plochonoží
na PDK,vytvořen pakloub a t.r. ještě reoperace.
Po té řada reoperací až do VI/2011-kdy:výrazný otok s
defektem cca 30x30mm na dorzu-t.č. ještě bez ATB
Bez mikrobiol.vyšetření a bez ATB
v VIII/2011 přijata na CHIR
dle RTG = susp.osteomyelitis
Hnis na mikrobiolog.vyš. = Kl.oxytoca
Ko za týden-vyjmutí uvolněného K drátu
Mikrobiol. Vyšetření-K drát + redon
Empiricky cotrimoxazol 2x 960mg,potom ko-aminoPNC
2x1.2g – bez výrazného efektu
Lednice 6/2012
3
1.Helcococcus kunzii
Mikrobiol.nález=Kl.oxyto
ca,St.pseudintermedius,H.kunzii
Dle výsledku citlivosti
nasazen klindamycin
4x300mg po dobu 25 dní
Doplňující léčba:Iruxol a
Askina krytí
Defekt vyléčen a pac.
dosud bez obtíží
Lednice 6/2012
Foto P.Čapek
4
Mikrobiologický nález
Nález
Rána
21.8
Rána
27.8.
Redon
27.8.
Klebsiella oxytoca
+
+
-
Staphylococcus
pseudintermedius
-
-
+
Helcoccus kunzii
-
+
-
Lednice 6/2012
5
1.Helcococcus kunzii
Pacient č.2-muž,83 let,se zhnisaným
ateromem v oblasti zad
Ambulantně excize + stěr na
mikrobiol.vyš.
Pacient zhojen p.p. bez ATB
Mikrobiol. nález:H.kunzii+St.epidermidis
Lednice 6/2012
6
Mikrobiologie
M.D.Colins a kol.(1993)
G+,CAT -,fakultativně
anaerobní koky v párech
event. hloučcích
Kolonie transparentní
nehemolytické(event.sla
bě α)
Typické
testy:PYR+,LAP Výskyt:dolní extremity s
poruchou krvení
Kultura H.kunzii na KA. Foto P.Ježek
Etiolog.účast:není plně
Lednice 6/2012
objasněna
7
Identifikace Streptotest24-ErbaLachema
TEST
Pac.1
Pac.1
Pac.2
Pac.2
TEST
Pac.1
Pac.1
Pac.2
Pac.2
TEST
Pac.1
Pac.1
Pac.2
Pac.2
PYR
+
+
ESL
+
+
AMG
-
-
HIP
-
NT
INU
-
-
TGT
-
-
NAG
+
+
MAN
-
-
MLT
-
-
LAP
-
-
SOR
-
-
RAF
-
-
bMN
-
-
MLB
-
-
TRE
-
-
GLR
-
-
RIB
-
-
SOE
-
-
bGL
+
-
LAC
-
-
VPT
-
-
bGA
+
+
PUL
-
-
CAT
+
+
aGA
-
-
ARG
-
-
PHS
-
-
S06
+
8
Identifikace:Streptotest24-ErbaLachema
Pacient č.1
Helcococcus kunzii
Identif.skóre
Identif.skóre
89,7
T-index
Pacient č.2
0.19
Helcococcus kunzii
Identif.skóre
Identif.skóre
89,7
T-index
0.19
Abiotrophia
adiacens
8,14
0.21
Abiotrophia
adiacens
8,14
0.21
Alloiococcus otitis
2,80
-0.07
Alloiococcus otitis
2,80
-0.07
Výsledek
Pacient č.1:Neidentifikováno
Pacient č.2:Neidentifikováno
Lednice 6/2012
9
Identifikace dalšími metodami
Metoda
Pacient 1
Pacient 2
Hmotnostní
Helcococcus
spektrofotometrie kunzii
Helcococcus
kunzii
rep-PCR (GTG)5 Helcococcus
kunzii
NT
Lednice 6/2012
10
2.Oligella urethralis
Pacient:žena,56 let-v gynekologické
ambulanci-cysta labia velikosti cca 2x1cm v
oblasti mediální strany pravého labia major
Přítomnost cca 10 let-bez klinických ani
subjektivních obtíží
Provedena hysteroskopie,frakcionovaná
kyretáž + exstirpace cysty
Okolí klidné,obsah cysty nažloutlé barvy
Hojení p.p. bez ATB
Lednice 6/2012
11
Mikrobiologie
Lautrop a kol.(1970)Moraxella like org.
Později M.urethralisuveřejněný popis
odpovídá popisu
deBorda (1942)-řadí ji do
č.Mimae
Rossau a
kol.(1987)=samostat-ný
druh a rod
r.Oligella řazen do
č.Alcaligenaceae
Kultura O.urethralis na KA.Foto P.Ježek
Lednice 6/2012
12
Mikrobiologie
G- drobné koky nebo
kokobacily ve dvojicích
Růst:Aerobní,nenáročné
-na KA i MC
Kolonie:KA-žlutavé,
mazlavé,nehemolytic-ké
Biochemicky málo
aktivní
OXI+ a většinou i CAT+
Výskyt:urogenitální
aparát a moč
Patogenita:zřejmě nízká
O.urethralis,barvení Gram,zvětšeno 1000x.Foto P.Ježek
Lednice 6/2012
13
Identifikace NEFERMTest24-ErbaLachema
Taxon
Identifikační
skóre
Oligella urethralis
T-index
95,11
3,08
0,65
0,41
Moraxella canis
0,87
0,45
Alcaligenes faecalis
0,23
0,23
Moraxella caprae
0,15
0,33
Bordetella hinzii
0,15
0,20
Comamonas testosteroni
Velmi dobrá identifikace
14
Identifikace NEFERMTest24 ErbaLachema
TEST
OXI
CAT
IND
ARG
URE
LYS
GLU
FRU
INO
SUC
Výsledek
+
+
-
TEST
PHS
bGA
bGL
NAG
MAN
XYL
CEL
GAL
NO3
NO2
Výsledek
+
TEST
ESL
GGT
LAC
MLT
TRE
SCI
37°C
42°C
Výsledek
+
+
+
+
15
Identifikace dalšími metodami
Hmotnostní spektrofotometrie
Oligella urethralis
rep-PCR - neprovedeno
Lednice 6/2012
16
3.Campylobacter fetus ssp. fetus
Pacient:muž,75 let,přijat na INT pro bolesti na hrudi a
dyspnoické problémy
A:ICHS,stav po IM,těžká dysfunkce levé
komory,kardiostimulátor,DM,chron.ren.selhání v
predialyzačním stadiu
Při přijetí:dyspnoe,bolest v oblasti sterna a
epigastria,suchý kašel,bez T,normotenzní,při námaze
dušnost, dehydrován,vpravo bazálně s chrůpky
RTG-objemný levostranný fluidothorax,
Laboratoř:FW82/h,CRP208,PCT 1,6µg/l,leu12,4x109/l
Mikrobiologie:3xHE+moč,sputum-nelze
ATB:ampicilin/sulbactam4,5g/d a klarithromycin 1g/d
Lednice 6/2012
17
3.Campylobacter fetus ssp. fetus
Druhý den: klin.stav bez vývoje,
Laboratoř:CRP 346↑,leu 11,9x109/l,ostatní bez
pohybu
Provedena hrudní pce:cca 60ml slámově žluté
zakalené tekutiny,ukončena pro nespolupráci
pacienta-odesláno na mikrobiologii(aerobně!)
Třetí den:exitus v ranních hodinách
Mikrobiologie: v HE Campylobacter fetus ssp.
fetus post mortem
Lednice 6/2012
18
Mikrobiologie
McFadyean a Stockman (1909)-z
hovězího dobytka
Vinzent a kol.(1947) poprvé u člověka
(septikémie) = Vibrio fetus
Véron a Chatelain(1973) a Simbert
(1974) revize taxonomického postavení =
Campylobacter fetus
Lednice 6/2012
19
Mikrobiologie
Campylobacter fetus- 2 poddruhy
ssp.fetus
ssp.venerealis
Význam:veterinární medicína-infekční zmetání
skotu a ovcí a infekční infertilita skotu
Člověk:septikémie,infikované aneurysma,
celulitida,endokarditida,spondylodiscitida,osteo
myelitida,CNS infekce,potraty aj.
„Reptile-like kmeny“- u plazů,epidemiologicky
zřejmě nevýznamné
Lednice 6/2012
20
Mikrobiologie
Vyšetření:v HE po 5
dnech G- spirálovité
drobné tyčky,z
anaerobní kultivace na
Schaedler.a.
Punktát DH=negativní
Moč = negativní
Kolonie-drobné,
transparentní,bez
hemolýzy,růst i
mikroarofilně
Biochemie = chudá
C.f.ssp.fetus,barvení gram,zvětšeno 1000x.Foto P.Ježek
Lednice 6/2012
21
Identifikace Anaerotest23 ErbaLachema
Test
Výsledek Test
Výsledek Test
Výsledek
CAT
+
NIT
+
RAF
-
OXI
+
SUC
-
CEL
-
IND
-
SAL
-
XYL
-
GLU
-
TRE
-
ARA
-
MLT
-
MAN
-
SOR
-
FRU
-
RHA
-
cefoperazon
R
GAL
-
NAG
-
metronidazol
R
LAC
-
bGL
-
k.nalidixová
R
MLZ
-
ESL
-
42°C
URE
-
MNS
-
22
Identifikace Anaerotest23 ErbaLachema
Identifikační skóre
Taxon
Campylobacter gracilis
Bacteroides ureolyticus
Veilonella parvula
Eubacterium lentum
Fusobacterium
nucleatum
Porphyromonas asacharolytica
95,08
3,38
1,31
0,16
0,04
0,01
T-index
1,0
0,78
0,69
0,55
0,45
0,37
Velmi dobrá identifikace
Lednice 6/2012
23
Identifikace dalšími metodami
Hmotnostní spektrofotometrie
rep-PCR s primerem (GTG)5
Campylobacter fetus
bez zařazení do ssp.
Lednice 6/2012
24
Shluková analýza rep-PCR s primerem (GTG)5
Podobnost (%)
96
98
100
CCM 5682 C. fetus subsp. fetus
CCM 6213 C. fetus subsp. fetus
CCM 5993 C. fetus subsp. venerealis
T
CCM 3951 C. fetus subsp. venerealis
CCM 5681 C. fetus subsp. venerealis
CCM 5683 C. fetus subsp. fetus
CCM 6210 C. fetus subsp. fetus
HE 119
CCM 5992 C. fetus subsp. venerealis
p.Švec-CCM,PřF MU Brno
Lednice 6/2012
25
4.Varibaculum cambriense
Pacient:muž,68 let,dlouhodobě léčen pro acne rosacea
s chronickým zánětem víček
na ORL ambulanci s otokem tváře a víček vpravo po
vymáčknutí furunkulu-tuhý infiltrát
Incize-malé množství sanquinolentní tekutiny a bělavá
hmota
Stěr na mikrobiolog.vyšetření
Sutura s drénem(24 hod.)
Terapie:ko-aminoPNC 2x1,2g
Rána zhojena p.p.,pacient bez obtíží
Lednice 6/2012
26
Mikrobiologie
V.Hall a kol.(2003)-jediný druh rodu
Varibaculum
Taxonomie: č.Actinomycetaceae
Fylogenetická příbuznost: r.Actinomyces,
r.Arcanobacterium,r.Actinobaculum,
r.Mobiluncus
Lednice 6/2012
27
Mikrobiologie
G+ rovné nebo
difteroidní tyčky rostoucí
anaerobně obvykle za
48 hod.
Kolonie:malé,konvexní,transparentní a
nehemolytické
(Schaedler agar)
CAT+,GLU,SAC,RIB+
Výskyt:vzácně v
abscesech s různou
lokalizací a IUD
Přirozený výskyt není
znám
V.cambriense,barvení Gram,zvětšeno 1000x.Foto P.Ježek
Lednice 6/2012
28
Identifikace ANAEROTest23 ErbaLachema
TEST
Výsledek
TEST
Výsledek
TEST
Výsledek
CAT
-
URE
-
bGL
-
IND
-
NIT
+
ESL
-
GLU
+
SUC
+
MNS
+/-
MLT
+/-
SAL
-
RAF
-
FRU
-
TRE
-
CEL
-
GAL
-
MAN
-
XYL
-
LAC
-
RHA
-
ARA
-
MLZ
-
NAG
-
SOR
29
Identifikace ANAEROTest23 ErbaLachema
Taxon
Identifikační skóre
Actinomyces odontolyticus
Actinomyces meyeri
Clostridium botulinum b.A
Atopobium minutum
Peptostreptococcus
anaerobius
Prevotella disens
99,53
0,35
0,04
0,03
0,02
0,01
Velmi dobrá identifikace
T-index
0,75
0,33
0,16
0,19
0,05
0,00
30
Identifikace dalšími metodami
NRL pro patogenní aktinomycety
Sekvenace genu 16Sr RNA
Varibaculum cambriense
Lednice 6/2012
31
Závěr
taxon
databáze
Helcococcus
kunzii
ano
výsledek
doporučení
identifikace
identifikován
???
Oligella urethralis
ano
identifikován
žádné
Campylobacter
fetus ssp. fetus
není
neidentifikován
doplnit
Varibaculum
cambriense
není
neidentifikován
doplnit
32
Závěr
Pravděpodobnost zvyšujícího se výskytu
raritních či méně často vyskytujících
nebo nových druhů mikroorganismů v
klinickém materiále
Potřebnost pravidelného doplňování
databází v diagnostických soupravách
Využívání jiných metod identifikace
33
34